Узнав об этом, Батый в ярости приказал наказать данников Золотой Орды. На Русь выступило Батыево конное войско, предводителем которого стал татарский царевич Неврюй. Князь Андрей не испугался «Неврюевой рати» и вышел ей навстречу. Монголы в ожесточенной битве одолели русичей, о чем в древнерусской летописи было написано: «И бысть сеча велика, гневом же Божиим, за умножение грехов наших, погаными христиане побежени быша». Из-за недальновидных действий молодого князя Андрея Владимиро-Суздальские земли подверглись страшному разорению, хотя Андрею Ярославичу с семьей и боярами удалось спастись. Гнев Батыя обещал быть ужасным. Правитель Золотой Орды еще раз продемонстрировал военную мощь своего государства.
Тревожась за младшего брата, Александр послал богатые дары хану. И только благодаря этому и его дипломатическим переговорам с Батыем дальнейшие карательные экспедиции «Неврюевой рати» были приостановлены. Впоследствии Александру Невскому удалось добиться прощения и для князя Андрея. Теперь хан признал Александра великим князем и дал ему ярлык на Владимир. А Андрей Ярославич, согласно ханской воле, сел на княжение в город Суздаль.
Во время одного из завоевательных походов на Угорскую землю был зарублен хан Батый. Новым правителем Золотой Орды стал Сартак. С ним князю легче было выстраивать мирные взаимоотношения. В 1257 году он совершает очередную поездку в Орду к хану Улагчи. Причиной ее стала женитьба ростовского князя Глеба Васильковича на дочери Сартака, перешедшей в христианство. Примечательно, что дочь Батыева внука Менгу-Тимура вышла замуж за Федора Ростиславича Черного — князя ярославского и великого князя смоленского. Историк Б. Л. Васильев также отмечает, что «во имя прочного мира Александр не исключал мысли жениться на дочке Батыя». Такой прием был верным средством в урегулировании дипломатических отношений между государствами.
Дальнейшие события, имевшие место с 1257-го по 1259 год, опять принесли на Русь смуту и раздор. Монгольские ханы решили упорядочить сбор дани путем переписи населения. Александр, предвидя столкновения простого люда с баскаками, добился в Золотой Орде того, чтобы сбором дани заведовали русские князья. Вместе с тем хан заручился поддержкой владимирского князя в содействии монгольским «численникам». Они прибыли в сопровождении военных отрядов. Народ Суздаля, Рязани, Мурома и других земель был уже переписан монгольскими чиновниками. Перепись во Владимиро-Суздальских землях проходила без столкновений, но когда монгольские чиновники прибыли в Новгород, началась смута. Новгородцы, благодаря Александру Невскому, не знали монгольских погромов и не понимали, с кем имеют дело. Сын Александра, князь Василий, отказался принимать переписчиков и велел казнить всех ханских посланников. Это спровоцировало в городе массовые мятежи. Церковь пыталась образумить бунтовщиков, но тщетно. К простому люду присоединились купцы, бояре. Новгородский летописец сообщает: «Приде весть изъ Русь, яко хотять Татарове тамгы десятины на Новегород; и сметашася люди чересъ все лето… а на зиму убиша Михалка посадника новгородци». Монгольские «численники» пригрозили князю Александру, что донесут хану о бесчинствах, творящихся в Новгороде.
Здесь следует заметить, что одна из причин возмущения простого люда в Новгороде против ханских чиновников состояла в несправедливом обложении данью. Так, ремесленник обязан был выплачивать столько же, сколько и боярин с богатой усадьбы. Александр с ужасом понимал, что на боярскую республику Золотая Орда вышлет очередную «неврюеву рать». И тогда будут «уведены в полон» и «посечены» русичи, разорены и сожжены города. Допустить этого Александр Ярославич не мог. Вместе со своим братом Андреем и ростовским князем Борисом он отправился в Новгород. К тому времени, когда русская дружина и ханские «численники» вошли в вольный город, князь Василий Александрович бежал в Псков. К несчастью, несмотря на доводы князя владимирского, новгородцы от переписи отказались. Получив дары, монгольские послы уехали в Орду, тем самым давая князю возможность самому разобраться с мятежниками. Тот попытался убедить новгородцев в том, что бунт грозит им монгольским нашествием и разорением, которое будет почище дани, поэтому им лучше заплатить ханским баскакам гривнами, чем жизнями. По словам русского писателя и историка XIX века Сергея Глинки, автора многотомной «Русской истории», Александр Невский обратился к новгородцам с увещеванием, призывая их к смирению: «В чем упорствуете? Жизнь братий ваших гибнет, а вы жалеете золота и серебра… Смиримся на время, недолго будет торжествовать власть иноплеменная, если укрепимся Богом, верой и единодушием». Но жители Новгорода не вняли его просьбе. И тогда князю пришлось применить силу. По свидетельству летописца, он жестоко обошелся с бунтовщиками, не хотевшими платить дань: «овому носа урезамша, а иному очи выимаша», говоря при этом, что людям, которые не видят очевидного, глаза не нужны. Такими ужасными мерами порядок все же был восстановлен.
Многие историки осуждают князя за то, что он пошел на применение крайних мер и так жестко обошелся с новгородцами. Но нельзя не учитывать, что в те времена нравы были жестокими, и князья вели себя в соответствии с ними. А самое главное, по словам В. Т. Пашуто, состояло в том, что «Александр понимал: уж лучше сразу принять требование хана, чем допустить опустошение монгольскими полчищами процветающих новгородско-псковских земель, разорение городов, уничтожение крепостей». Это было трудное решение, и не каждый правитель обладал достаточным мужеством, чтобы принять его. У Александра Невского оно, бесспорно, было. Эти же доводы приводит и историк-эмигрант Н. А. Клепинин, который пишет: «…перед св. Александром лежала трудная задача сдерживания возмущенного и озлобленного народа. Все его долголетние труды созидали здание на песке. Одно возмущение могло разрушить плоды многих лет. Поэтому он подчас силой и принуждением заставлял народ смириться под татарским ярмом, постоянно сознавая, что народ может выйти из-под его власти и навлечь на себя ханский гнев. Эта внешняя трудность усугублялась трудностью внутренней. Русский князь становился как бы на сторону хана. Он делался подручным ханских баскаков против русского народа… Эта трагичность положения между татарами и Русью делает из св. Александра мученика. С мученическим венцом он и входит и в русскую Церковь, и в русскую историю, и в сознание народа».
Совсем по-иному объясняет действия Александра А. А. Бушков. Он отмечает уникальность отношений, сложившихся между «ордынцами» и русскими, ссылаясь на многочисленные свидетельства историков о том, «как русские князья и «монгольские ханы» становились побратимами, родичами, зятьями и тестями, как ходили в совместные военные походы, как (назовем вещи своими именами) дружили». Это «братание», по мнению писателя, доходило до «непонятного абсурда»: «…скажем, подданные Александра Невского в один прекрасный день побивают до смерти ордынских сборщиков дани, но «ордынский хан» реагирует на это как-то странно: при известии об этом печальном событии не только не принимает карательных мер, но дает Невскому дополнительные привилегии, разрешает ему самому собирать дань, а кроме того, освобождает от необходимости поставлять рекрутов для ордынского войска». Еще одним поводом для сомнения служат для Бушкова сами сборщики дани: непонятно откуда взялись «бессерменские» купцы, якобы бравшие дань на откуп, и «знает кто-нибудь, где такая страна — Бессермения», да и баскаки «выглядят как-то странно с точки зрения "канонической" версии». В качестве примера писатель называет русского монаха Изосима, служившего баскаком в Ярославле, и русского христианина по имени Иоанн, собиравшего дань в Устюге. На основании всего этого Бушков снова приходит к выводу о том, что «…Золотая Орда — это часть Руси, та, что находится под властью владимиро-суздальских князей, потомков Всеволода Большое Гнездо». Другими словами, «орда — всего-навсего войско владимиро-суздальских князей, силой вводивших на Руси единоначалие». Еще одним аргументом в пользу своей гипотезы он считает то, что «в результате "монголо-татарского" нашествия русские княжества не "приходили в упадок", а, наоборот… усиливались!». Так, например, «Рязанское княжество (о чем пишут сторонники официальной версии) даже… расширило свои территории за счет половецких земель и Чернигово-Северского княжества». Вот такие «любопытные последствия имело порой "татарское нашествие"…»
Между тем после восстановления порядка в городе новгородцы, как записано в летописи, заключили с Александром «мир на всей воли новгородской». Таким образом, князю удалось не только предотвратить новые нападения со стороны монголов, но и добиться того, что суверенитет русских князей в Новгороде сменился отныне государственным суверенитетом владимирского князя. Тот из князей, кто восходил на владимирский престол и утверждался на нем Ордой, становился и князем в Новгороде. Политика Александра вела к укреплению разрозненных земель во всей Руси.