Первым делом Гейдар Алиев отменил проведение президентских выборов в Нахичевани. Таким образом, два автономных образования в составе Азербайджана — НКАО и НАР — отказались от выполнения решения парламента республики.
8-го сентября прошли выборы, Муталлибов стал президентом, однако его слабость была очевидна. Я получал информацию от его близкого окружения. Люди отмечали его верхоглядство, нарциссизм и нерешительность. Я написал два открытых письма в его адрес и напечатал их в газете. Я призывал приступить к реформам, создать условия для перехода к рыночной экономике, формирования среднего класса собственников, способных стать опорой его власти. Когда я спрашивал у государственного советника по экономическим вопросам Вахида Ахундова, почему Муталлибов медлит с реформами, почему не хочет перемен, повести общество за собой, дает повод для уничижительной критики, Вахид Джумшудович отвечал в присущей ему деликатной манере:
— Я приготовил для президента план-проспект реформ на 250 страниц, его сокращенный вариант на 50 страниц и текст краткого выступления перед депутатами на пять страниц, но он все время отказывается, не решается выступить перед депутатами и народом.
Вот так, раз за разом, Муталлибов упускал шансы начать реальные перемены и повести за собой общество. В середине сентября он умудрился собрать последний съезд Компартии и провести на нем решение о самороспуске. Он не пошел по пути лидеров среднеазиатских республик, которые, не мудрствуя, переименовали коммунистические партии в демократические, сохранив кадры, структуру, имущество и традиционные связи в обществе. Он пошел по пути Ельцина, не понимая разницы между своим положением и положением российского президента.
Естественно, на фоне этих событий ситуация в НКАО начала вновь резко обострятся. Окружение Ельцина было настроено поддерживать Армению. Муталлибов безынициативно плелся в хвосте событий, подчас даже не реагируя на происходящее. НФА продолжал собирать митинги, но никак не мог перешагнуть рубеж 30 тысяч участников. Этибар Мамедов остерегался выступать с открытой критикой Муталлибова, дипломатично отвечал журналистам, что «необходимо дать президенту сто дней, и только потом оценить его деятельность». На самом деле его позицию ясно иллюстрировали показанные в те дни телевизионные кадры: Муталлибов уверенно спускается вниз по лестнице, Этибар Мамедов семенит ножками перед ним, через каждые три-пять ступенек оборачиваясь и подобострастно заглядывая ему в глаза. Именно в это время лидеры НФА устроили митинг студенческой молодежи перед зданием университета. Митинг был разогнан милицией, в то время как бывший непримиримый радикал и депутат Этибар Мамедов, попыхивая сигареткой, хладнокровно наблюдал за разгоном студентов с окна Азгосуниверситета. Мамедов вновь радикализировался накануне переворота в марте 1992-го года, когда решил, что ожидание благ затягивается.
18-го октября 1991-го года парламент Азербайджана принял Конституционный Акт о независимости страны. По сути, это было изменение и дополнение Конституции, юридически закрепляющее фактическую независимость Азербайджана и легитимизирующее сложившиеся структуры власти.
В октябре 1991-го года в Баку с миротворческой миссией прибыли президенты России Ельцин Б.Н. и Казахстана Назарбаев Н.А. После переговоров в Баку они вылетели в Гянджу, куда вызвали для переговоров лидеров сепаратистов НКАО. Затем все вместе выехали в Степанакерт, где армянские националисты взяли в заложники турецкого журналиста и избили известную азербайджанскую журналистку Надежду Исмайлову. Сам Муталлибов также чуть не стал жертвой насилия. Турецкого журналиста армянские сепаратисты освободили только после твердого обещания русских военных «порвать им пасть». Из Степанакерта российский и казахстанский президенты вылетели в Ереван, и уже оттуда, для подписания итогового документа, в Железноводск.
В начале сентября ВС Азербайджана, после острой дискуссии о характере вооруженных формирований, наконец, принял закон о создании Национальной Армии. Было решено национализировать все оружие и имущество Советской Армии, находящиеся на территории Азербайджана, создать оборонную промышленность и начать призыв в свою армию. Исполнение этого ВС поручил созданной для этих целей комиссии, которая направила на места письма с перечислением мер, надлежащих к исполнению. На деле руководители местных советских органов как огня боялись командиров воинских частей, дислоцированных на вверенной им территории. Для перелома ситуации, по инициативе Араза Ализаде, поддержанной Эльмирой Кафаровой, был создан Республиканский Совет Обороны (РСО) во главе с президентом Муталлибовым, куда вошли четверо представителей оппозиции (Араз Ализаде, Этибар Мамедов, Рагим Газиев и Тахир Алиев) и четверо управленцев и снабженцев из числа хозяйственной номенклатуры. РСО было выделено здание Кировского райкома партии, куда часто вызывались нерадивые руководители, саботирующие решение ВС о создании оборонного потенциала страны и строительстве Национальной Армии. По этой причине доступ Араза Ализаде к президенту Муталлибову облегчился, и он, зная о том, что Ельцин и Назарбаев собирают в Железноводске президентов Азербайджана и Армении для подписания некоего важного документа, попросился в делегацию. По рассказам Араза Ализаде, Тамерлана Гараева и Эльдара Намазова, входивших в делегацию, прилетевшие из Еревана вместе с Левоном Тер-Петросяном Ельцин и Назарбаев привезли с собой проект документа, грубо попирающий суверенные права Азербайджана. Делегация сообщила Муталлибову, что после подписания подобного документа он может просто не возвращаться в Баку. Муталлибов, несмотря на недовольство Ельцина, у которого днем была назначена встреча в Москве с премьер-министром Италии, настоял на доработке документа. Процесс доработки продлился до позднего вечера, но завершился общим согласием всех сторон. По соглашению, контроль над соблюдением законности в НКАО должны были осуществлять совместно российские, казахские и азербайджанские военные силы. После этого российские и казахские офицеры и генералы стали приезжать в Баку для совместных выездов в НКАО.
РСО добился разработки и испытания первых образцов пистолетов-пулеметов, минометов, начал налаживать активные и плодотворные контакты с Министерством обороны России. Это опыт сотрудничества власти и оппозиции оказал плодотворное влияние на общую атмосферу в стране: накал враждебности начал ослабевать. Муталлибов начал привлекать для работы во властных структурах отдельных членов НФА. Кандидат экономических наук Али Масимов из академического Института экономики был назначен заведующим отделом Совмина, куда он привел группу своих единомышленников, известный литератор Сабир Рустамханлы получил пост председателя Комитета по делам печати и информации. Двери были открыты для сотрудничества со всеми конструктивно настроенными членами Фронта. Боевой пыл и накал недовольства фронтистов постепенно угасал. Эльчибей, в начале сентября распустивший Правление и назначивший некоторых видных деятелей НФА своими заместителями, добился принятия решения, по которому фронтисты могли занимать должности в госаппарате только с разрешения НФА, т. е. Председателя. В такой ситуации успешная деятельность РСО, усиление оборонного потенциала страны был ножом в сердце тех, кто считал своей главной задачей не защиту Карабаха, не достижение национального согласия, не укрепление независимого и стабильного Азербайджана, а углубление пропасти между Муталлибовым и народом, захват власти и получение возможности удовлетворять свои низменные инстинкты: повелевать, богатеть, мстить…
Возможность прямого выхода на президента и право контролировать всех высоких чиновников, делегированное членам РСО, не давали покоя вечному сопернику Этибара Мамедова — Иса Гамбарову. Он поднял в ВС вопрос о необходимости расширения состава РСО за счет включения в него премьер-министра, министров внутренних дел, безопасности, обороны и финансов. Расчет был хитрым и коварным. Внешне РСО как бы усиливался за счет включения в его состав авторитетных должностных лиц, а на самом деле в него включались руководители, на которых сильнее всего давил РСО, прежде всего премьер-министр Гасан Гасанов, который почти открыто и успешно саботировал любые усилия президента Муталлибова стабилизировать ситуацию и укрепить власть. Его предложение не прошло, но, несмотря на бурные протесты членов РСО от оппозиции, председатель ВС Эльмира Кафарова послала проект предложения президенту Муталлибову «для ознакомления». Опасающийся любых осложнений с премьер-министром и Демблоком Муталлибов внес изменение в Положение о РСО, после чего Араз Ализаде в знак протеста против этого решения вышел из состава РСО. Именно это решение спасло ему жизнь, потому что 20-го ноября госсекретарь Тофиг Исмайлов настойчиво приглашал его присоединиться к азербайджанской делегации, которая сопровождала российских и казахских военных во время посещения ими НКАО. Вертолет, на котором летела делегация, сбили, погибли видные государственные деятели Азербайджана, старшие офицеры, военные и гражданские лица России и Казахстана. Кто и как сбил — так и осталось невыясненным, но вина, по логике, была возложена на вовсю лютовавших в Карабахе и сбивших до этого несколько вертолетов армянских террористов. Команда Муталлибова понесла невосполнимые потери, ему так и не удалось найти равноценную замену ни госсекретарю — энергичному и эрудированному Тофигу Исмайлову, ни волевому госсоветнику по вопросам безопасности Мамеду Асадову. Погибли прокурор республики Исмет Гаибов, пресс-секретарь президента Осман Мирзоев, верная опора президента в карабахских делах, заместитель премьер-министра Зульфи Гаджиев и другие.
