Ботаниатов) с прилегающими к нему домами в районе Калибия, находящемся к юго-западу от генуэзской колонии на берегу Золотого Рога; пошлина была установлена в своем прежнем размере 4 процента; генуэзцы должны были пользоваться всеми правами, дарованными им Мануилом в 1170 г., но ежегодно обязаны были заново присягать на верность империи и платить все налоги на торговые сделки, заключенные в их квартале. Исаак повторил центральную часть буллы Мануила вместе с клятвой генуэзского посланника Мануилу, добавив к ней клятвы Торнелло и Спинулы в том, что община будет соблюдать их договор. Этот документ был отвезен в Геную императорским секретарем Никифором Пепагоменом и переводчиком Герардом Аламанопулосом, и 2 августа 1192 г. генуэзские консулы и народ согласились на его условия. На тот момент дружеские отношения были восстановлены; несмотря на поступки Андроника, мир был достигнут для империи за удивительно маленькую цену.
В начале правления Исаака Пиза предпочитала союз с Фридрихом Барбароссой соперничеству с Венецией и Генуей за торговлю в Константинополе. Во время Третьего крестового похода этот город был, по-видимому, рьяным сторонником плана завоевания византийской столицы Фридрихом. Только после смерти Фридриха и провала первой попытки Генриха VI захватить норманнское королевство пизанский подеста Теттуччо отправил своих послов Райнерио Гаэтани и Сигерио вести переговоры с Исааком и его логофетом Димитрием Торником. Сначала пизанцы потребовали: уплаты займов, выданных пизанскими гражданами в Святой земле Андронику Комнину, когда тот был еще простым гражданином, и брату императора – будущему Алексею III Ангелу, когда тот был пленником графа Триполи; компенсации за ущерб, причиненный Андроником, и последующую утрату дохода с квартала; выплаты ежегодных даров, полагающихся за последние восемь лет собору и епископу Пизанскому, которые были установлены в том же размере, что и задолженность общине и архиепископу Генуэзскому соответственно; восстановления всех былых привилегий пизанцев. Исаак или его логофет возразили, что пизанские пираты украли столько же византийских богатств, сколько Андроник отнял у пизанцев. Тогда пизанцы переиначили свои требования: все права и имущество пизанцев в Константинополе должны быть возвращены им; ежегодные дары должны быть увеличены до 600 иперперов и двух отрезов шелка собору и сотни иперперов и одного отреза шелка епископу; четырехпроцентная пошлина должна быть установлена на все экспортируемые и импортируемые товары; пизанцы должны получить разрешение подавать в суд иски на причинение ущерба любыми существующими или бывшими чиновниками, виновными в притеснениях пизанцев в годы правления Андроника, а казна должна ответить за действия тех чиновников, которые уже умерли.
В своей февральской булле 1192 г. Исаак удовлетворил большинство этих требований. Он подтвердил владение пизанцами своим значительно расширившимся кварталом, расположенным вдоль Золотого Рога, увеличил ежегодные дары, как они того хотели, установил пошлину в размере 4 процентов и гарантировал им компенсацию понесенного ими ущерба из государственной казны. Пизанцы вновь присягнули на верность Византийской империи, и Исаак заново издал буллы Алексея I за 1111 г. и Мануила за 1170 г.
Император удачно провел сделку с Генуей и Пизой. Тот факт, что окончательные переговоры велись одновременно с обоими городами, возможно, привнес элемент соревнования за права и привилегии и сработал в его пользу. Представители этих двух городов не сообщали друг другу, как развиваются их переговоры, но логофет Торник, который вел дела и с теми и другими, возможно, ронял осторожные намеки им по очереди. Эти предположения могут быть объяснением – в свете геноцида латинян – крупной дипломатической победы Исаака.
Вскоре после заключения этих двух договоров итальянские пираты совершили необыкновенное по масштабу варварство. Флот мародеров под командованием генуэзца Гульельмо Грассо, но в который также входили пизанские корабли под командованием своих собственных капитанов, вторгся в южную часть Эгейского моря. Войдя в гавань Родоса под дружественной маской, они разграбили город и начали совершать нападения на торговые корабли в открытом море неподалеку от Родоса и вдоль побережья Памфилии – в регионе, уже и так достаточно пострадавшем от пиратов. Здесь снова под маской дружбы они попали на венецианское судно, шедшее из Александрии в Константинополь, на борту которого были византийские и венецианские купцы и их товары, а также византийское посольство, возвращавшееся от Саладина. Также там находились послы самого Саладина и большое количество богатых подарков, которые они везли императору. Захватив добычу, пираты перебили всех на корабле, включая послов; исключение было сделано для нескольких пизанских и генуэзских купцов. Подарки Саладина, включавшие лошадей, мулов, ливийских диких животных для охоты, дорогую древесину и драгоценные металлы, были оценены Исааком в сумму 6675 иперперов. Но на этом корсары не закончили. Они встретили ломбардский корабль, вероятно, из Апулии, который вез из Константинополя на Кипр византийское посольство, включая епископа Пафоса, брата Хью-испанца и имперского вассала – рыцаря Пипина Пизанского. Грассо со товарищи разграбил корабль, убил ломбардцев и захватил епископа для выкупа за 600 иперперов; Хью и Пипин были отпущены на свободу. Исаак подсчитал византийские потери от этих двух налетов, которые составили более 96 тысяч иперперов.
Такие преступления невозможно было дальше терпеть. Толпа горожан Константинополя, которые сильно пострадали от этих грабежей, потребовала, чтобы император в качестве компенсации захватил имущество генуэзцев и пизанцев. Исаак уступил их требованиям настолько, что заставил обе колонии внести большие суммы в казну в качестве гарантии того, что общины возместят ущерб; вся оставшаяся собственность в их кварталах стала считаться потенциальным возмещением убытков. Генуэзцы были вынуждены передать 20 тысяч иперперов, которые они получили в ноябре 1192 г. от своих купцов, приплывших в Константинополь на корабле Энрико Невитела.
В том же месяце Исаак отправил письмо в Геную, которое отвезли Питер-англичанин и генуэзец Пьетро Пандоло; в нем было изложено все, что случилось, и содержалось предупреждение о том, что, если город не возместит ущерб, причиненный его подданными, имущество генуэзского квартала будет конфисковано. Община города отправила Бальдовино Гверчио и Гвидо Спинулу вести переговоры с Исааком, и в октябре 1193 г. император издал новый хрисовул, в котором было объявлено, что дело улажено и генуэзцы вернули себе его благосклонность. Посланцы заявили, что пираты были изгнаны из Генуэзской республики и будут переданы византийцам, если их поймают, а также подчеркнули, что несправедливо наказывать целый город за дурные поступки нескольких его граждан. Были приняты меры к тому, чтобы Генуя удовлетворила претензии империи, а император возвратил наличность, взятую в залог. Более того, император пообещал, как того требовали генуэзцы, что он больше никогда не будет забирать их собственность в Константинополе без предварительного обращения к коммуне за правосудием. Было объявлено, что все прошлые соглашения и привилегии генуэзцев снова в силе. В оставшиеся годы правления Исаака отношения между ним и Генуей были