Отнюдь не очевидно то, что Кёпрюлю Мехмед-паша сумел бы удержать власть до самой своей смерти, ведь его соперники тешили себя надеждой на то, что если они найдут достаточную поддержку, то у них появится шанс войти во власть. Любой высокопоставленный государственный деятель Османской империи, который пережил недавние рецедивы насилия по принципу «зуб за зуб», мог считать себя счастливчиком, а тот факт, что он остался жив, укреплял его честолюбивые надежды на то, что однажды он станет великим визирем. Продолжали тревожить старые противоречия, и недовольные искали возможности выразить свое отношение и устранить их. Вскоре после своего возвышения Кёпрюлю Мехмед, преследуя цель удалить своего очередного соперника из Стамбула, приказал сместить Сейди Ахмед-пашу с поста главного адмирала, полученного им за ту роль, которую он сыграл в конце лета 1656 года, отбивая нападение венецианцев на Дарданеллы. Взамен он получил должность губернатора Боснии. Султанская кавалерия, которая поддерживала Сейди Ахмеда, была вне себя от гнева. Что касается янычар, то их убедили стать на сторону властей и противостоять кавалеристам, а сам Кёпрюлю Мехмед постарался создать единый фронт, созывая в свой дворец ведущих представителей всех ветвей государственной власти. Султан наделил его полномочиями наказывать непокорных, и был введен комендантский час. Были казнены некоторые высшие офицеры кавалерийских полков и обезглавлены многие кавалеристы, пытавшиеся скрыться в караван-сараях города и на другом берегу Босфора, в Усюодаре. В ходе дальнейших действий, направленных на то, чтобы уничтожить всех возмутителей спокойствия, стали преследовать тех, кто действовал с ними заодно. По элегантному выражению Абдурахмана Абди-паши, который был наперсником и летописцем султана Мехмеда IV, трупы этих людей «стали пищей для морских тварей».
Крит все еще не был завоеван. Венецианцы не сумели надолго заблокировать Дарданеллы, и в 1657 году турецкие корабли, как обычно, появились в Эгейском море. Венецианцы распыляли свои силы, пытаясь удержать острова Базкаада и Лемнос, которые находились слишком близко от Малой Азии и слишком далеко от их баз. После нескольких месяцев ожесточенных морских сражений в Дарданеллах, в ходе которых сам Кёпрюлю Мехмед командовал сухопутной армией, стоявшей лагерем на анатолийском берегу Проливов, турки снова взяли эти острова и казнили тех, кого сочли нарушившими свой долг во время военной кампании, что стало первым признаком того, что режим Кёпрюлю Мехмед-паши отличается от правления его недавних предшественников. Не менее очевидным было и то, что война с Османской империей становилась для Венеции той прорехой, сквозь которую она теряла свои финансы. Некоторые сенаторы понимали, что восстановление нормальных отношений необходимо для того, чтобы предоставить венецианским купцам доступ к рынку Османской империи, который давал им значительную часть доходов. Однако эта прагматическая точка зрения не являлась господствующей. Был момент, когда турки рассматривали (хотя и совсем недолго) возможность заключения мира с Венецией. Это случилось, когда независимая внешняя политика султанского вассала, Георга Ракоши II, заставила их осуществить несколько военных экспедиций в Трансильванию. Но требование отдать им весь Крит оказалось для Венеции неприемлемым.
Ракоши выдавал себя за горячего сторонника венгерских протестантов. С мужеством, источником которого стало заключенное им в декабре 1656 года соглашение со шведским королем Карлом Густавом X, Ракоши двинулся на север, в Польшу. Он сумел переманить на свою сторону соседние вассальные государства Валахию и Молдавию, что встревожило правительство в Стамбуле, так как это угрожало существовавшему балансу сил, поддерживать который было в интересах и Габсбургов и Османской империи. Слабая Речь Посполитая на северо-западных рубежах устраивала Османскую империю гораздо больше, чем земли, захваченные энергичным вассалом и удерживаемые им благодаря шведской поддержке. Между тем, походы Ракоши против Речи Посполитой не принесли ему никакого выигрыша. Весной 1657 года Мелек Ахмед-паша, который в то время был губернатором провинции Ози, приказали поставить на место и самого Ракоши и его союзников. В конце лета к его силам присоединились войска крымского хана, а в 1658 году в поход на Трансильванию выступила армия под командованием самого Кёпрюлю Мехмед-паши, причем в состав его сил вошли и несколько тысяч человек, направленных Речью Посполитой. Ракоши бежал, но и его самого и скитавшихся правителей вассальных княжеств Валахия и Молдавия вскоре заменили менее склонными к независимости или менее поддающимися на уговоры фигурами.
В период после того, как армия, возвратив острова Бозкаада и Лемнос, отправилась на зимние квартиры в Эдирне, и до того, как весной была предпринята экспедиция в Трансильванию, Кёпрюлю Мехмед-паша, стремившийся ликвидировать смутьянов до того, как они смогут затруднить ведение военной кампании, с особенной жестокостью расправился со многими кавалеристами, которым было приказано прибыть в Эдирне. Даже Мустафа Наима не смог хладнокровно отразить это событие: он написал, что берега реки Тунджа в Эдирне были усеяны трупами. Абдурахман Абди-паша записал, что зима в том году была особенно холодной и вызвала много страданий. Снег был таким глубоким, что дороги стали непроходимыми. Возникли трудности с продовольствием, нечем было топить дома, поэтому приходилось рубить фруктовые деревья, которые использовались в качестве топлива.
Кёпрюлю Мехмед-паша сумел навести порядок в Стамбуле и воспользовался плодами побед над Венецией и Ракоши, но его все еще не признавали губернаторы провинций Малой Азии. В конце 1658 года, возвратившись из похода в Трансильванию, он столкнулся с бунтом, который подняли некоторые из них и который, если бы он его не подавил, несомненно положил бы конец его пребыванию в должности и имел бы серьезные последствия для всей правящей верхушки. Восстание закончилось тем, что были с особенной жестокостью убиты приблизительно тридцать пашей (большинство из которых уже давно находились на государственной службе), что на некоторое время положило конец тем частым мятежам, которые в последние десятилетия стали отличительной чертой жизни в Малой Азии.
Главным героем Анатолии был земляк Абаза Мехмед-паши, Абаз Хасан-паша, который стал активным диссидентом еще до того, как Кёпрюлю Мехмед-паша занял центральное место в формировании политики Османской империи. Являвшийся сторонником бывшего мятежника и великого визиря Ипшир Мустафа-паши, Абаз Хасан, как и многие анатолийские паши, не мог признать законность пребывания Кёпрюлю Мехмеда в должности великого визиря. Произведенная великим визирем чистка султанской кавалерии в Эдирне оказалась контрпродуктивной, так как многие из тех, кому удалось избежать его гнева, скрылись, несмотря на ужасную погоду, тогда как кавалеристы в провинциях, которые должны были откликнуться на призыв, не подчинились приказу и не прибыли к месту сбора. Вместо этого летом 1658 года около 30 000 человек собрались в районе расположенного в центральной Малой Азии города Конья. Среди них были губернаторы провинций Дамаск и Анадолу и еще пятнадцать бывших и действующих губернаторов провинций во главе с Абаз Хасан-пашой. Выражая недовольство тем, что им приказывают прибыть на военную службу, мятежники объявили: «Мы будем собираться [здесь] до тех пор, пока Кёпрюлю Мехмед-паша не будет смещен», и предложили на его место губернатора Дамаска Тайярзаде Ахмед-пашу, отец которого при Мураде IV в течение короткого времени занимал пост великого визиря, а брат был губернатором сирийской провинции Ракка. Султан приказал мятежникам немедленно прибыть на трансильванский фронт, но это не возымело действия, поскольку они по-прежнему опасались Кёпрюлю Мехмеда и отказывались воевать до тех пор, пока тот не будет снят со своей должности. В разгар лета 1658 года Кёпрюлю Мехмеду пришлось выступить из Эдирне в район боевых действий без большей части анатолийских войск. Зная о том, какие катастрофические последствия могли вызвать действия мятежников, султан счел целесообразным предложить им альтернативу службе под командованием великого визиря на балканском фронте, вместо которой приказал им оборонять рубежи в районе Багдада. Однако Абаз Хасан-паша пренебрег этим приказом и двинулся на запад, в направлении Бурсы. С целью придать мятежу видимость законности, его сторонникам было приказано во время марша не отнимать продовольствие и деньги у крестьян и отчитываться за все припасы, которые им удавалось собрать.
Известие о том, что мятежники приближаются к Бурсе, произвело впечатление на власти, которые осознали серьезность их намерений. Все еще была свежа память о других мятежах, таких как, например, восстание под предводительством Гюрджю Абдулнеби, которое произошло всего за несколько лет до этого. Защищать Бурсу султан приказал бывшему главному адмиралу Кенан-паше, который замещал Кёпрюлю Мехмеда, пока тот с армией вел боевые действия на Балканах. Послание Абазы Хасан-паши, которого доставивший его гонец называл «слугой султана», привело Мехмеда IV в ярость. Мемуарист султана, Абдурахман Абди-паша, следующим образом описывает его реакцию:
