Вследствие этого повелено было цензора, пропустившего песни, отставить от должности с лишением пенсиона. Цензором был директор саратовской гимназии, который, однако, сумел отписаться и оправдаться. Я думал, что доберутся и до меня, но меня не спрашивали». Как бы то ни было, в отличившийся Саратов был назначен новый полицеймейстер, «отличившийся тем, что на первых же порах, желая угодить начальству, неблагосклонно взглянувшему на песни, ездил по городу с казаком и приказывал бить плетью людей, которых заставал с гармониками поющих песни». А в начале следующего года этот полицеймейстер решил ужесточить режим всех поднадзорных лиц. Однажды он затребовал к себе всех ссыльных и поднадзорных.
«Я был позван в числе прочих, — говорит историк, — и увидел кроме знакомых мне сосланных поляков несколько мужчин и женщин, содержавшихся под надзором не за политические дела, но за всякого рода преступления и проступки. Тут были, как я узнал, и содержательницы домов терпимости, и оставленные в подозрении по разным уголовным делам, между прочим, и по тому еврейскому делу, которое не так давно принесло мне столько неудовольствия. Полицеймейстер, вошедши с грозным начальническим видом, начал читать всем составленные им правила, заключавшие в себе разные наставления о добропорядочном поведении, например: не ходить по кабакам, по зазорным домам, не буянить, не пьянствовать до безобразия и т. п.; но вместе с тем навязывал на всех обязанность не выезжать за городскую черту, ни с кем не сноситься и не вести корреспонденции иначе как с его ведома и разрешения. Прочитавши такое нравоучение, он требовал, чтобы все давали подписку в соблюдении начертанных им правил. Призванные стали подписываться. К удивлению моему, я увидал, что поляки, содержавшиеся по политическим делам, также безропотно подписывались. Когда же очередь дошла до меня, я сказал, что давать такой подписки не стану, потому что хотя я и состою под надзором, но под особым, и по высочайшему повелению определен на службу, в которой я нахожусь».
Дело могло кончиться худо, но Костомаров потребовал, чтобы вопрос был разрешен у губернатора, который к нему благоволил, и вместо того, чтобы наказать историка за дерзкий ответ, губернатор дал ему звание делопроизводителя статистического комитета. Новая должность не мешала ему заниматься историческими изысканиями, он все так же работал с разного рода старинными актами и занялся даже разбором рукописей саратовского собора, некогда отобранных у раскольников. В числе этих рукописей, добавляет с гордостью, он «нашел превосходный и полный список „Стоглава“, самый старейший и самый правильный из всех, какие мне случалось видеть после того».
Скоро ссылка завершилась, и Костомаров вернулся в Петербург. Там он занимался работой над историей Хмельницкого и дополнял новыми выписками из книг и рукописей Публичной библиотеки материалы для «внутреннего быта Древней России» — одной из первых книг в стране, посвященных этой тематике. Режим у него был насыщенный: «С декабря 1855 года я начал ходить в императорскую Публичную библиотеку, занимался печатными источниками в отделении Rossica и рукописями славянскими и польскими. Не проходило дня, в который бы я не сидел в библиотеке, отправляясь туда к десяти часам утра и возвращаясь вечером, обыкновенно в девять часов, если не посвящал вечера на посещение театра. На обед тратил я не более получаса, отправляясь из библиотеки в один из ближайших ресторанов. Так прошло до четырех месяцев. Я почти ни у кого не бывал и погрузился всецело в мир минувшего. Таким образом в этот период моей жизни я успел перечитать множество томов и брошюр по истории Малороссии при Богдане Хмельницком, пересмотрел несколько книг, польских рукописей и перебрал путешественников, писавших о России, из которых сделал себе отметки, относившиеся к чертам нравов и быта, подмеченным путешественниками. В марте 1856 года я отнес экземпляр истории Богдана Хмельницкого к цензору Фрейгангу, как вдруг неожиданно для меня услыхал от него, что при покойном государе состоялось секретное запрещение допускать мои сочинения к напечатанию». Пришлось идти объясняться с Дубельтом, тот запрет снял, книга была напечатана, хотя и пострадала от цензора… Мой «Богдан Хмельницкий», однако, прошел и поступил в распоряжение Краевского, издателя «Отечественных записок». В то же время я поместил статью о «Горе-Злосчастии» в «Современнике»: этот памятник великорусской поэзии XVII века нашел буквально на его глазах в одном из погодинских сборников А. Н. Пыпин.
Костомаров вернулся в Саратов и стал приводить в порядок собранные в Публичной библиотеке выписки о внутренней истории Древней Руси, занимался описанием саратовского края, народными малоросскими песнями. Опубликовал он и свои собственные сочинения на этом языке под юношеским еще псевдонимом Иеремия Галка. После коронации нового императора был издан высочайший манифест, освободивший историка от надзора. И первое, что сделал Костомаров: отправился в заграничное путешествие, объездив практически все континентальные европейские страны. Вернувшись в Саратов, он снова окунулся в воды истории: писал очерк домашнего быта и нравов великорусского народа, затем — «Бунт Стеньки Разина», а в августе 1858 года к нему приехал губернский предводитель дворянства князь Владимир Алексеевич Щербатов и стал уговаривать «от имени саратовского дворянства взять временно место делопроизводителя в предполагавшемся тогда губернском комитете по улучшению быта крестьян». Комитет должен был выработать условия освобождения крестьян.
«Членов комитета — относительно их убеждений и способов заявления мнений о предлежавших вопросах — можно было разделить на три рода, — рассказывает историк. — Первые — строгие защитники дворянских интересов, имевшие в виду исключительно выгоду дворянства; вторые — умеренные либералы, которые хотя и стояли за дворянские выгоды, но показывали заботы и о том, чтобы и крестьянам было по возможности выгодно; третьи — составлявшие, как и везде, меньшинство, стояли за крестьян с готовностью принести жертвы и со стороны дворянства. Но справедливость требует заметить, что из последних были и такие, которые, прослышавши наперед о том, что правительство дает крестьянам свободу, поспешили предложить крестьянам свободу сами, постаравшись удержать за собою землю и освободивши крестьян на таких условиях, на каких сами крестьяне спустя несколько месяцев позже не согласились бы принять этой свободы. С другой стороны, можно было указать и на таких, которых во время комитетских заседаний, судя по их отзывам, надобно было поместить в число крайних крепостников, но которые впоследствии рассчитались со своими крестьянами самым гуманным образом и даже безденежно подарили им земельный надел. Видя это близко, я вполне убедился, что русский человек способен действовать по сердцу так человеколюбиво, как не способен по своим убеждениям. Вообще же саратовский комитет постановил отпустить безвозмездно всех дворовых людей и не удерживать крестьянского имущества в пользу дворянства».
Когда действие комитета подошло к концу, Костомарова пригласили занять кафедру русской истории в Петербургском университете. «Радость моя была чрезвычайная, — писал он, — готовясь вступить на кафедру, я продолжал сидеть по целым дням в Публичной библиотеке. Ноября 20-го назначена была мне вступительная лекция в университете. Стечение публики было большое: несколько государственных лиц посетили мою лекцию. По окончании чтения последовали громкие рукоплескания, а потом толпа молодых людей подхватила меня на руки и вынесла из университетского здания к экипажу.
С тех пор начались мои обычные чтения лекций. Стечение публики не только не умалялось, но с каждою лекциею возрастало: аудитория моя всегда была битком набита лицами всякого звания, и между ними было множество женщин и девиц. Я продолжал заниматься и в Публичной библиотеке: готовил лекции и писал другие сочинения. Моя вступительная лекция отдана была для напечатания в журнал „Русское слово". В „Современник" отдал я отрывок из своих лекций „О начале Руси". Кроме того, я по читанным тогда лекциям предположил составить статью о русских инородцах, изложив их историю и настоящее этнографическое их положение. Я начал с литовцев, изложив древнюю историю событий, составил описание внутреннего быта литовского племени и приложил разбор их современной народной поэзии. Статья эта отдана была в „Русское слово", где и напечатана в следующем году. Вступая на кафедру, я задался мыслию в своих лекциях выдвинуть на первый план народную жизнь во всех ее частных видах. Долговременное занятие историею развило во мне такие взгляды. Я видел, что государства являлись более случайным плодом завоеваний, чем необходимым последствием географических и этнографических особенностей народной жизни. Всегда почти поэтому государство составлялось не из одной народности; сильнейшая подавляла слабейших, стремилась подчинить, а иногда и ассимилировать их, считала за собою право власти над ними, которое освящалось давностию, допускала над ними насилие и всякую с их стороны попытку к самосохранению признавала преступлением.