Отстранившись от студенческих дел, Костомаров занялся научными изысканиями. В 1862 году он напечатал в «Основе» коротенькую статью о малорусском писательстве. Она, «более, чем какая другая, была оценена публикою и откликнулась полным сочувствием. Я доказывал в этой статье, что мысль о выработке литературного малорусского языка тем путем, какой велся до сих пор, едва ли осуществима, и если может быть справедливым и полезным писать и печатать по-малорусски, то единственно книги, имеющие целью народное образование и заключающие в себе элементарные сведения в науках, которые бы расширяли кругозор народной умственной жизни. Мысль моя до того понравилась публике, что я начал получать отовсюду горячую благодарность и предложение взять на себя издание таких популярных книжек, которые бы содействовали указанной мною цели… Между тем впоследствии, когда по этому поводу поднялась против меня буря обвинений в „сепаратизме“, то печатно заявлялось мнение, что намерение издавать популярные малорусские книги научного содержания есть плод польской интриги».
История эта кончилась ничем. Летом 1863 года в «Московских ведомостях» поднялась буря «против малорусского литературного движения, коснувшаяся меня тем более, что в этой газете имя мое было выставлено на позор, как одного из преступных составителей замыслов, по мнению противников, грозивших опасностью государственному порядку. Пошли в ход слова: сепаратизм и украинофильство. Инсинуации давались преимущественно из Киева…На обвинения „Московских ведомостей“ я написал большое опровержение, но цензура его не пропустила. Тогда я обратился лично к министру внутренних дел Валуеву, который назначил мне свидание на своей даче на Аптекарском острове и сообщил мне, что, хотя мысль о написании популярных сочинений по-малорусски с целью распространения в народе полезных знаний не только не преступна, но и похвальна, однако в настоящее время правительство по своим соображениям считает нужным приостановить ее, чтобы не подать повода злонамеренным людям воспользоваться для иных целей и под видом дозволенного распространения в народе популярно-научных книг не дать им возможности распространять законопреступных подущений к мятежам и беспорядкам. Вслед за тем я узнал, что состоялось запрещение печатания по-малорусски книг, имеющих учебное значение. Я успел выпустить только первый выпуск „Священной истории“ Опатовича, у которого остались готовые два другие, и арифметику Конисского. Печатались еще два жития святых и остались также невыпущенными. Министр народного просвещения Головнин относился совершенно беспристрастно к вопросу о малорусской литературе… По его предложению я напечатал в „Журнале Министерства народного просвещенияu статью об особенностях малорусского наречия, дающих ему право самобытности в ряду славянских языков и не дозволяющих признать его ни видоизменением великорусского, ни польского».
Увы, Костомаров совершенно не понимал, что статьи в защиту языка становятся статьями в защиту народа, а защита народа — вещь запрещенная. Словом, все, что бы ни напечатал, ни решил сделать Костомаров, оказывалось крамолой и скандалом.
Угораздило его опубликовать в «Отечественных записках» исследование об Иване Сусанине. Эта работа тут же подверглась яростным нападкам. «Так как я доказывал, что история Сусанина украсилась разными добавлениями досужей фантазии и событие не могло происходить в таком виде, в каком привыкли видеть его и даже читать в учебниках, — поясняет ученый, — то сейчас нашлись ревнители патриотической славы, старавшиеся увидеть из этого моего поступка что-то неблагонамеренное. Началась составляться обо мне молва, будто я задаю себе задачу унижать доблестные русские личности и, как говорили, сводить с пьедестала и развенчивать русских героев. Укоры эти много раз заявлялись в литературе, расходились в обществе и повторялись даже такими людьми, которым, собственно, не было ни тепло ни холодно от того, будет ли прославлен или унижен какой-либо из деятелей русской истории минувших веков. До меня доходили слухи, что люди высокопоставленные в чиновной иерархии оскорблялись моим критическим взглядом на личность Сусанина и говорили, что я человек злонамеренный, желаю во что бы то ни стало унижать великие личности русской истории. Иные толковали это тем, что я, как малорус, хочу выставлять напоказ лица южнорусской истории и в противоположность им унижать севернорусских героев… Их выходки служили доказательством еще не прекратившегося господства детских взглядов и раболепства перед рутинными убеждениями, основанными на ложном патриотизме. Считали как бы вывескою благонамеренности в науке непременно восхвалять признанные доблести и в каждом критическом отношении к ним отыскивали что-то затаенное, нерасположенное к славе и чести отечества. Между тем истинная любовь историка к своему отечеству может проявляться только в строгом уважении к правде. Отечеству нет никакого бесчестия, если личность, которую прежде по ошибке признавали высокодоблестною, под критическим приемом анализа представится совсем не в том виде, в каком ее приучились видеть. Притом же не следовало забывать, что безусловно добродетельных и безупречных людей на свете не бывает и прежде не было. Все люди — с ошибками и пороками, и если мы не в состоянии указать на их темные стороны, то это служит только признаком нашего недостаточного уразумения этих личностей. Наконец, все века имели свои заблуждения и слабости, и великие люди этих веков часто не были чужды этих заблуждений и слабостей.
Показывать в истории те и другие — не значит унижать самые исторические личности; напротив, чем личность прошедшего времени представится нам со всеми своими сторонами, как светлыми, так и темными, тем яснее станет пред нашими глазами и тем нагляднее мы можем рассмотреть ее и оценить. Но всего несправедливее ставить историку в вину, если он ни в каком случае не унижал исторической личности, которой привыкли оказывать уважение, а только старался установить правильный взгляд на ее действительное историческое значение и снять с нее вымышленные черты, созданные или народным воображением под влиянием протекших веков, или фантазиею писателей, как это и было относительно личности Сусанина. Что касается до толкования тех, которые объясняли мои исторические приемы умышленным желанием выставить в темноте великорусские личности с целью придать больше света малорусским, то это ребяческое толкование опровергалось как нельзя более теми моими сочинениями, которые относились к истории Южной Руси. Касаясь южнорусских героев, я нигде не скрывал черт их слабостей, пороков, заблуждений и ошибок, что и доказывается тем, что никто из критиков не в состоянии был указать на такие места моих исторических трудов, где бы я преднамеренно скрыл дурные стороны южнорусских знаменитых людей или представил их безупречными вопреки несомненным историческим данным, обличающим мои неправильные или пристрастные взгляды».
О, эта приверженность к поиску правды! Костомаров никак не желал понять, что правда историческая и правда политическая — две разные правды. Он слущивал шелуху наслоений с картин прошлого, но властям нужен был неочищенный от шелухи портрет народных героев! Впрочем, Сусаниным историк не ограничился. В тех же «Отечественных записках» он опубликовал статью «Великорусские вольнодумцы XVI века». Это было, по его объяснению, историческое исследование о признаках религиозного волнения умов в Московской Руси в царствование Ивана Грозного, выразившегося мнениями Матвея Башкина, игумена Артемия, дьяка Висковатого и Феодосии Косого. Из них, по его мнению, только за Косым можно было признать действительные еретические мнения; другие лица осуждены были в ереси отчасти по недоразумению, отчасти по невежеству судей. Тут нападок было меньше, но истыми патриотами исследование считалось вредным. В конце концов, не выдержав журнальных нападок, ученый разразился серией статей. «Так, по поводу поднятых против меня в Москве возражений на мои исторические взгляды я написал статью „Правда москвичам о Руси", по поводу новых польских выходок там же напечатал „Правду полякам о Руси". Вслед за появлением этой статьи я стал получать из разных мест анонимные письма от поляков с угрозами смерти; одно из этих писем заключалось словом „готовьтесь! По поводу вопроса об отношениях иудеев к русскому, и преимущественно малорусскому племени в „Основе" же я напечатал статью „Иудеям". Последняя статья задела за живое некоторых лиц иудейского племени, и я получил из плева от одного из них укорительное, хотя и дружелюбное письмо, в котором автор письма доказывал, что иудеи — сущие благодетели малорусов, и огорчался тем, что я дозволил себе употреблять название „жиды". Я отвечал этому господину, что сомневаюсь насчет благодетельности иудеев, а что касается до слова „жиды", то обещаю вперед не употреблять этого слова, а писать „иудеи". Этот корреспондент милостиво согласился, что „иудеи" звучит лучше, но пошли потоком письма от других „иудеев", которые были не согласны».
