Жизнь, однако, продолжала развиваться иным путем, и государство оставалось только внешнею формою объединяющей полицейской власти. Там, где не было завоевания или где оно не являлось достаточно могучим, там не могло составиться и государство. Свободные человеческие общества ради взаимных выгод, а более всего ради собственной защиты стремились к союзности (федерации)… Что в Древнем мире являлось в формах республик, то в новом, христианском мире явилось в форме отдельных земель, подвластных в большей или меньшей степени мелким владетелям. Отсюда — на западе Европы — феодальная система баронов, а в славянском мире — земель с избранными князьями. И те и другие вели между собою распри, при недостатке и слабости связывающих их органов, пока, наконец, сильнейшие из них завоеванием подчинили слабейших, и так составлялись государства, которые потом преобразовывались и переделывались большею частию случайно, на правах большей силы. И русская история представляла то же, хотя с своеобразными особенностями.
Русское государство складывалось из частей, которые прежде жили собственною независимою жизнию, и долго после того жизнь частей высказывалась отличными стремлениями в общем государственном строе. Найти и уловить эти особенности народной жизни частей Русского государства составляло для меня задачу моих занятий историею. Насколько это могло мне удаться — должен был показать опыт, но я взял на себя задачу чрезвычайно трудную и, как показалось мне самому на деле, малоудобоисполнимую по причине моей малой подготовки к работам над этой задачей. Меня утешало только то, что я мог хотя сделать мало, но, по крайней мере, наметить дорогу другим, более меня способным и сведущим. Во всяком случае я был уверен, что и любой из наших ученых не был еще в состоянии более меня приняться за это дело. В таком духе я и начал читать свои лекции, обративши внимание на черты местной истории русских земель и княжеств и на отличную жизнь инородцев, вошедших в состав Русской державы».
На это время и приходится та самая статья Аверкиева, приведенная мною выше. Дело в том, что в 1860 году «Современник» напечатал работу Костомарова «Начало Руси», которая очень не понравилась Михаилу Петровичу Погодину. «Старый ветеран истории, — вспоминал ученый, — никак не мог переварить смелости, с какою я отважился на разбитие системы происхождения Руси из норманнского мира. Он прибыл в Петербург и, встретив меня в Публичной библиотеке, предложил мне вступить с ним в публичный диспут по этому вопросу…Диспут наш состоялся 19 марта. Как и следовало ожидать, он кончился ничем…
Собственно говоря, ни Погодин, ни я не были абсолютно правы, но на моей стороне было, по крайней мере, то преимущество, что я понимал чтение летописей в более прямом смысле, и притом таком, какой, по предмету нашего спора, существовал издавна и какой, вероятно, имелся у самих летописцев. Впоследствии, вдумавшись в состав наших летописей, как и в дух сообщаемых ими известий, я пришел к такому результату, что самая история призвания князей есть не что иное, как басня, основанная на издавна внедрившихся взглядах, почерпнутых из мифического сказочного мира. Моя теория о происхождении Руси из литовского мира если и не имела за собой неоспоримой исторической истины, по крайней мере доказывала норманнистам, что происхождение князей наших и их дружин еще с большею вероятностию, чем из Скандинавии, можно выводить из других земель, и таким образом подрывала авторитет мнений, до того времени признававшихся неоспоримыми и занесенных в учебники как несомненная истина». Иными словами, это была не антинорманнская теория, а контрнорманнская теория, в стороне остались как норманнисты, так и славянофилы. Естественно, негодование возникло у тех и у других!
Но гораздо более Костомаров занимался делами Археографической комиссии, публикуя древние акты, относящиеся к Южной и Западной России. Как действительный член Русского географического общества, он также взялся за издание «Памятников старинной русской литературы», «помещая там по своему усмотрению рукописные статьи, отыскиваемые в письменных хранилищах». Работа заставила его обратиться к поискам древних документов в Духовной академии: эти рукописи были привезены туда из новгородского Софийского собора и из библиотеки Кирилло-Белозерского монастыря. Одновременно он занимался разработкой лекций по истории Новгорода и Пскова. Эти лекции требовали разбора многочисленных документов, написанных не только на русском или польском языках, но на старом нижненемецком наречии. И Костомарову пришлось изучить это наречие, выбирая свободные от других занятий дни. Работа была каторжная. В Духовной академии историк просиживал от девяти утра до пяти часов вечера.
«Так продолжалось осенью и зимою 1860—61 годов, — говорит он, — я имел возможность сделать там множество выписок из рукописей на отдельных листочках, надписывая на них, к какой стороне жизни относится выписка». Эти выписки очень пригодились Костомарову: одни он использовал для дополнений к «Очерку быта и нравов великорусского народа», а другие были оставлены для дальнейших публикаций; в то же время он занимался делами Археографической комиссии и начал публикацию актов эпохи Хмельницкого из Малороссийского приказа, а более поздние использовал для написания статьи о Выговском. Занимаясь малороссийскими бумагами, Костомаров опубликовал небольшую статью «О казачестве». Он пишет, что в этой статье «я старался установить надлежащий взгляд на это историческое явление и опровергнуть возникавшее в тогдашней литературе мнение о том, что казаки сами по себе были обществом антигосударственным, что душою этого общества была анархия, и потому на попытки как Польши, так впоследствии и России к обузданию казацкой воли надобно смотреть как на защиту государственного элемента против вторжения диких, разрушительных побуждений. Такая точка зрения, давно уже поддерживаемая поляками, начинала переходить и в русскую ученую литературу, и я принимал на себя призвание доказать ее несостоятельность и уяснить, что казачество при всех временных уклонениях было последствием идей чисто демократических. Статья моя возбудила против меня возражения в польских повременных изданиях, и тогда особенно выступило против меня лицо, укрывавшееся под псевдонимом Зенона Фиша. Его возражения вызвали с моей стороны новую статью в защиту своего мнения».
Собранные материалы легли и в основу публичных лекций в пользу бедных студентов. Содержанием этих лекций была история эпохи гетманства Выговского, а всего он прочел четыре лекции. О популярности этих лекций говорит такой факт: «несмотря на страшный мороз, доходивший в те дни до 30 °C, лекции мои были посещаемы значительным приливом публики». С 1861 года стала издаваться «Основа», где ученый поместил несколько статей по русской истории, «написанных на основании того, что я имел случай читать в университете. Таковы статьи „О федеративном начале Древней Руси“, „Две русские народности”, „Черты южнорусской истории”; последняя из них заняла несколько нумеров и заключала в себе сплошное историческое повествование событий удельно-вечевого периода в Южной Руси до татар.
…Мои статьи „О федеративном начале Древней Руси”, „Две русские народности” и, наконец, „Черты южнорусской истории”, статьи, написанные на основании задачи, которую я предположил себе в чтении лекций по русской истории, возбудили против меня невыгодные толкования, проявившиеся не раз в печати впоследствии. Моя идея о том, что в удельном строе Руси лежало федеративное начало, хотя и не выработалось в прочные и законченные формы, заставляла подозревать — не думаю ли я применять эту идею к современности и не основываю ли на ней каких-нибудь предположений для будущего. Это подозрение много раз высказывалось там и сям намеками, большею частью неясными, потому что не у всякого доставало отваги обвинять меня в том, на что я сам не дал явных указаний. Независимо от печатных намеков, появлявшихся кстати и некстати в периодических наших изданиях, я тогда же получал письма с укором за мою статью и с отысканием в ней такого смысла, какого я не заявлял и какого она, конечно, не имела. Еще более возбуждала раздражение моя статья „Две русские народности “, которую через несколько лет, вспомнивши о ней, „Русский вестник“ назвал „позорною“. Дело в том, что много открылось политических мыслителей, хотевших во что бы то ни стало, чтобы на Руси существовала только одна русская народность, и не терпевших, если им указывали не одну, а несколько, хотя бы даже существовавших в прошедшие времена.
Привычка отыскивать в рассуждении о прошедшем быте каких-нибудь отношений к настоящему или будущему заронилась в некоторой части читающего русского общества. Это было естественно при цензурной строгости, когда многие писатели поневоле принуждены бывали недосказывать своих мыслей, предоставляя читателям читать их у себя между строками. Эта привычка послужила против меня источником уже крайне смешных и нелепых догадок по поводу моей литовской системы происхождения Руси; она же действовала и по поводу мыслей о двух русских народностях. Впрочем, после выхода моей статьи в первое время не раздавалось крупных обвинений в „сепаратизмекоторыми так щедро награждали меня, после того как вспыхнуло польское восстание и русские стали горячо хвататься за идею своего национального единства. Многие часто не знали, что, говоря об Украине, повторяли сказанное их врагами-поляками по отношению к себе. Пока польское восстание не встревожило умов и сердец на Руси, идея двух русских народностей не представлялась в зловещем виде и самое стремление к развитию малорусского языка и литературы не только никого не пугало признаком разложения государства, но и самими великороссами принималось с братскою любовью. Притом же содержание моей статьи о двух русских народностях ясно отклоняло от меня всякое подозрение в замыслах „разложения отечества", так как у меня было сказано и доказываемо, что две русские народности дополняют одна другую, и их братское соединение спасительно и необходимо для них обеих. Достойно замечания, что через пятнадцать лет после того патриотический „Киевлянин", обличая меня в „украинофильстве", в виде нравоучения й в назидание своих читателей привел мою мысль (выдавая ее за собственную) о необходимости и пользе соединения двух русских народностей из моей же статьи „Две русские народности", и притом почти буквально в тех же выражениях, в каких эта мысль была высказана у меня».