…Закрытый университет был вновь открыт для тех, которые покорились воле правительства и взяли матрикулы, повинуясь предписанным в них правилам, которые не принявшими матрикул считались стеснительными…Количество покорных властям не составляло и трети студенческого сословия, да и взявшие матрикулы не посещали аудитории, так что хотя университет объявлен был открытым, но читать в нем было не для кого… Между тем грозные слухи приходили о студентских смутах, совершающихся в других университетских городах…Впоследствии явилось мнение, что и в Петербурге волнению молодежи содействовали поляки, готовившие у себя восстание и желавшие произвести всеми силами беспорядок в русском обществе. Насколько я мог следить и заметить, это мнение едва ли основательно…Каков бы ни был москаль, либерален ли он или консервативен, — для них было все равно: достаточно того, что он москаль и не католик, — он уже им чужой…Студенческое дело производилось до конца 1861 года…За несколько дней до праздника Рождества Христова университет вторично был закрыт и уже на долгое время… Так как университет был закрыт, и неизвестно было, когда он откроется, то, желая сохранить за мною профессорское содержание, министр Головнин оставил меня при должности члена-редактора в Археографической комиссии с сохранением профессорского жалованья на три года».
Из добрых побуждений Костомаров вместе с другими преподавателями решил помочь выпущенным из крепости студентам, организовав публичные лекции, аналог университетского курса. Костомаров читал там русскую историю с XV века, то есть с того момента, на котором остановился в связи с закрытием университета. «Вообще я разделял русскую историю по времени на два отдела, — пояснял он, — первый заключал историю Руси удельно-вечевого уклада; второй — обнимал Русь единодержавную. Первый отдел был уже мною прочитан в университете, теперь я предложил читать второй отдел.
Лекции читаемы были в большом зале городской думы, очень просторном и светлом, в два света, с галереями наверху. Таким образом, после закрытия университета сам собою возникал новый, совершенно свободный университет, открытый для лиц обоего пола всех званий и без всякого официального начальства.
Февраль прошел благополучно, но в начале марта наступило неожиданное потрясение. В доме Руадзе на Мойке происходил литературный вечер 5 марта. На этом вечере между прочими участниками читал небольшую статью профессор Платон Васильевич Павлов. Статья называлась „Тысячелетие России" и была небольшим сокращением той статьи, которая в том же году была напечатана в календаре…Профессор несколько раз был останавливаем и прерываем рукоплесканиями, более на таких местах, которые могли иметь либеральный смысл и которые могли подать повод к толкованиям в дурном смысле. По окончании чтения, когда Павлова стали вызывать, он произнес текст из Евангелия: „имеющие уши слышати, да слышат". Это до чрезвычайности понравилось публике: его наградили самыми бешеными рукоплесканиями, которые побудили его в другой раз повторить то же изречение. На другой же день мы все узнали, что Павлов арестован и ссылается в Кострому. Студенты-распорядители заволновались и стали ходить к профессорам, представляя, что по этому поводу в виде демонстрации следует прекратить чтение лекций. Некоторые профессора поддались голосу студентов, но я энергически доказывал и тем и другим, что прекращение лекций не имеет никакого смысла, тем более что Павлов навлек на себя нерасположение правительства вовсе не за эти лекции, а по поводу тона чтения, не имевшего к лекциям никакого прямого отношения, и что делать демонстрации вообще в нашем положении нелепо. (Этим отказом Костомаров сильно возмутил студенчество, и его перестали считать либералом. — Авт.)
Надобно заметить, что я, некогда пользовавшийся у студентов большою любовью, стал уже прежде терять многое в глазах их. Меня почему-то считали вначале отъявленным либералом, даже революционером, и это было одною из причин того горячего сочувствия, каким я пользовался у молодежи. Вероятно, к тому мнению обо мне располагало молодежь мое долгое пребывание в ссылке за политическое дело, которого значения они хорошо не знали… Теперь мое нежелание прекращать лекции и мое увещание, обращенное к профессорам, о том же сделали меня в глазах молодежи решительным противником всякого модного либерализма. Затаивши против меня злобу, студенты-распорядители сказали мне, что они покинули свое намерение прекратить публичные лекции, и, обнадеженный их уверениями, я приехал 9 марта на свою лекцию». Эту лекцию ученый прочитал, но после объявления темы следующей студенты стали требовать, чтобы он, как и другие профессора, отказался в знак протеста от чтения лекций, на что он ответил отказом. Он собирался найти помещение для чтения лекций, поскольку дума отказывалась предоставлять свой зал (и понятно — почему). Вот тогда-то и явился к нему приятный молодой человек Николай Гаврилович Чернышевский, с которым ученый успел подружиться в Саратове. Прежний сторонник теперь стал просить, чтобы Костомаров от лекций отказался и молодежь не раздражал, обещая в случае отказа скандалы и бунты. На это историк заметил, что Чернышевский обратился не по адресу, если речь идет о возможном бунте — так надо бы поговорить с бунтарями. Чернышевский страшно рассердился и пообещал, что сделает все, чтобы лекции прикрыли.
«Я заявил ему, — говорил Костомаров, — что если правительственные лица, облеченные правом, приостановят чтение лекций во избежание беспорядков, то я подчиняюсь этому; притворяться же больным, когда я не болен, не стану, потому что это значило бы, заявивши публике о будущем моем чтении, вдруг испугаться молодежи и волею-неволею примкнуть к их партии и участвовать в программе их действий. Через день после этого я получил от министра извещение о том, что чтение публичных лекций приостанавливается». В запрещении лекций Костомаров менее всего видел «руку» Чернышевского, который вряд ли сумел бы дойти до Кабинета министров и иметь там серьезный разговор. Но, тем не менее, про переговоры с Чернышевским узнали, студенты стали распространять про ученого слухи и домыслы, он так от всего этого клеветничества устал, что отправился к министру и отказался от должности профессора Петербургского университета. «Эта думская история оставила на меня глубокое впечатление, — говорил он с горечью, — которое переменило многое в моих убеждениях. Я увидел, что большинство русской того времени молодежи, в научные силы которой я простодушно верил, легко могло быть увлекаемо трескучими фразами, шумихой, но оно мало ценило посвящение себя науке…Нигилизм сильно стал охватывать умы молодежи, и каждый день увеличивались сотнями полки его последователей.
…Вместе с тем в молодежи развивалась мысль, что для благой цели общественного преобразования не нужно стесняться ни в каких средствах; все меры признавались хорошими, если только в виду имелась желанная цель. Это была самая черная и возмутительная сторона современного нигилизма. Пусть бы у нигилистов были какие угодно идеалы об устройстве общества, но, если бы путь к достижению этих идеалов согласовался со враждебными душе человека принципами нравственности, нигилисты не представляли бы слишком опасных элементов, так как ничто не может поставить отпора беспощадной силе логики и убеждений. Что бы ни взяло верх в человеческом обществе, со всем пришлось бы мириться, лишь бы только это совершилось тою неотразимою силою признанной истины, которая всегда двигала и вечно будет двигать историею рода человеческого; но как скоро допустится столь известное у иезуитов правило — для доброй цели позволять дурные средства, то самая добрая цель превращается во вредную, а злые меры, от которых общество не в силах будет уберечься, принесут свои злые плоды, и последние непременно окажут вредоносное влияние, хотя бы и временное…Венцом всего был страшный эгоизм, выразившийся впоследствии тем, что значительная часть таких юных преобразователей общества, возмужавши, переродилась в биржевых игроков и эксплуататоров чужой собственности всеми возможными средствами; те же, которые остались энергически преданными своим нигилистическим теориям, оправдывающим всякое средство для цели, нравственно произвели поколение безумных фанатиков, отваживающихся проводить свои убеждения кинжалами и пистолетами». Костомаров не дожил ни до первой русской революции, ни тем более до второй и Октябрьского переворота, но поколение безумных фанатиков он угадал за годы до его настоящего появления. На его век достался один только Каракозов, совершивший покушение на цареубийство.
Отстранившись от студенческих дел, Костомаров занялся научными изысканиями. В 1862 году он напечатал в «Основе» коротенькую статью о малорусском писательстве. Она, «более, чем какая другая, была оценена публикою и откликнулась полным сочувствием. Я доказывал в этой статье, что мысль о выработке литературного малорусского языка тем путем, какой велся до сих пор, едва ли осуществима, и если может быть справедливым и полезным писать и печатать по-малорусски, то единственно книги, имеющие целью народное образование и заключающие в себе элементарные сведения в науках, которые бы расширяли кругозор народной умственной жизни. Мысль моя до того понравилась публике, что я начал получать отовсюду горячую благодарность и предложение взять на себя издание таких популярных книжек, которые бы содействовали указанной мною цели… Между тем впоследствии, когда по этому поводу поднялась против меня буря обвинений в „сепаратизме“, то печатно заявлялось мнение, что намерение издавать популярные малорусские книги научного содержания есть плод польской интриги».