Привычка отыскивать в рассуждении о прошедшем быте каких-нибудь отношений к настоящему или будущему заронилась в некоторой части читающего русского общества. Это было естественно при цензурной строгости, когда многие писатели поневоле принуждены бывали недосказывать своих мыслей, предоставляя читателям читать их у себя между строками. Эта привычка послужила против меня источником уже крайне смешных и нелепых догадок по поводу моей литовской системы происхождения Руси; она же действовала и по поводу мыслей о двух русских народностях. Впрочем, после выхода моей статьи в первое время не раздавалось крупных обвинений в „сепаратизмекоторыми так щедро награждали меня, после того как вспыхнуло польское восстание и русские стали горячо хвататься за идею своего национального единства. Многие часто не знали, что, говоря об Украине, повторяли сказанное их врагами-поляками по отношению к себе. Пока польское восстание не встревожило умов и сердец на Руси, идея двух русских народностей не представлялась в зловещем виде и самое стремление к развитию малорусского языка и литературы не только никого не пугало признаком разложения государства, но и самими великороссами принималось с братскою любовью. Притом же содержание моей статьи о двух русских народностях ясно отклоняло от меня всякое подозрение в замыслах „разложения отечества", так как у меня было сказано и доказываемо, что две русские народности дополняют одна другую, и их братское соединение спасительно и необходимо для них обеих. Достойно замечания, что через пятнадцать лет после того патриотический „Киевлянин", обличая меня в „украинофильстве", в виде нравоучения й в назидание своих читателей привел мою мысль (выдавая ее за собственную) о необходимости и пользе соединения двух русских народностей из моей же статьи „Две русские народности", и притом почти буквально в тех же выражениях, в каких эта мысль была высказана у меня».
Как видите, статьи Костомарова поневоле оказывались полемическими: он имел свой взгляд на историю и не желал писать так, как требовала современная ему политика. Такой же славой, что и «малороссийские» статьи, пользовались и лекции о древних русских республиках, а также «Очерк быта и нравов великорусского народа в XVI и XVII столетиях». Казалось, что после трудной молодости жизнь начинает налаживаться. Куда там!
Проблемы начались с достопамятной речи на университетском акте. Тема была уж безобиднейшая — «О значении в обработке русской истории трудов Константина Аксакова». К тому же это была речь в память недавно умершего Аксакова, так что полемических экивоков не предполагала. Однако накануне Костомарова попросили не читать эту речь, сославшись, что будут присутствовать старые архиереи, которым высидеть лишнее время в университетском зале затруднительно. Костомаров согласился прочесть речь на литературном вечере. Он деликатно ушел. Но студенты, которые видели в Костомарове борца с несправедливостью, возмутились, начались беспорядки. «Между тем тогда же до меня дошло, — рассказывал ученый, — что во многих высших кругах общества беспорядок, произведенный студентами на акте по поводу отмены чтения моей речи, возбудил неодобрительные толки, возымевшие влияние на правительственные лица, и что вследствие этого события правительство вознамерилось принять меры к обузданию своевольства студентов и учредить для хода университетских лекций более строгие правила. Через несколько времени произошло в Петербурге событие, подавшее больший повод к желанию обуздать студентов. В Варшаве происходили уличные беспорядки, последствием которых были выстрелы со стороны войска, положившие на месте пятерых поляков. В Петербурге поляки устроили по этому поводу в костеле Св. Екатерины на Невском проспекте панихиду по убиенным, которая должна была служить демонстрациею против мер правительства…» Костомаров посетил в этот день костел, в автобиографии он объяснял это тем, что обещали концерт из Моцарта и что он, увидев, что это совсем не концерт, тут же ушел. Но эти объяснения ему пришлось давать соответствующим органам. А 25 февраля скоропостижно скончался друг Костомарова Шевченко. Похороны тоже вылились в своего рода акцию протеста. Студенты несли гроб Шевченко от университета до Смоленского кладбища. Над телом его говорились речи на трех языках — русском, украинском и польском. Костомаров тоже сказал речь, он не мог ее не сказать. Речь была на украинском. Позже, на вечере памяти, устроенном в университете, он прочел статью «Воспоминание о двух малярах».
«Статья эта принята была публикой с восторгом, — вспоминал он, — и напечатана вслед за тем в „Основе". Бедный Шевченко несколькими днями не дождался великого торжества всей Руси, о котором только могла мечтать его долгострадавшая за народ муза: менее чем через неделю после его погребения во всех церквах Русской империи прозвучал высочайший манифест об освобождении крестьян от крепостной зависимости…Вспоминая эти минуты, могу сказать, что тогда была видима и ощущаема безмерная радость между людьми всякого звания и образования: чувствовалось, что Россия свергала с себя постыдное бремя, висевшее на ней в продолжение веков, и вступала в новую жизнь свободной христианской нации. Казалось, после отдаленной от нас эпохи крещения при Владимире еще не переживал русский народ такой важной минуты. После того оставалось желать одного — просвещения освобожденного народа, и действительно, это желание слышалось в устах всех образованных людей той эпохи».
Итак, вот основа дальнейшего непонимания между революционерами и Костомаровым: он считал реформу 1861 года поворотным пунктом в русской истории и ожидал просвещения народа, молодое поколение ожидало иного — окончательного освобождения из всеобщего рабства, точнее — отмены самодержавия. Историк, который замечательно понимал нюансы законов в относительно дальние времена, не сумел увидеть, что московское самодержавие за века ничуть не изменилось, просто сменило личину. Отмену крепости он воспринял как нравственную победу, а люди другого поколения — как временную уступку власти, чтобы «заткнуть рты» недовольным.
Со счастливыми иллюзиями, прочитав лекцию «О значении Новгорода в русской истории» в новгородском Дворянском собрании, он отправился за границу — отдохнуть и подлечиться.
Когда он вернулся в Петербург и пришел в университет для начала курса, то застал студентов в сильном волнении: в аудитории было немного слушателей, да и те стали расходиться. «Я узнал, — вспоминал он, — что в это самое время в университетском парадном зале происходила бурная сходка; студенты выломали дверь и шумно требовали отмены установленных для них стеснений, объясняясь с новым ректором И. И. Срезневским, заступившим на место выбывшего и уехавшего за границу Плетнева. На другой день произошло знаменитое, наделавшее в свое время шуму путешествие нескольких сот студентов в Колокольную улицу, в квартиру нового попечителя университета Филипсона, которого студенты потянули за собой через весь Невский проспект до университета. На следующий день новый министр народного просвещения граф Путятин сделал распоряжение о временном закрытии университета. Более двадцати студентов, сочтенных зачинщиками, были арестованы и посажены в крепость. С этих пор в Петербурге чуть не каждый день повторялось волнение молодежи, выражавшееся сходками на улицах, которые разгонялись солдатами…
12 октября громадная толпа студентов, человек более трехсот, у здания университета была окружена войском и отправлена в казематы, причем двум студентам нанесены были удары в голову. В Петропавловской крепости недостало места, и половина арестованных была отправлена в Кронштадт. Я не принимал ни малейшего участия в тогдашних университетских вопросах, и хотя студенты часто приходили ко мне, чтобы потолковать со мною, что им делать, но я отвечал им, что не знаю их дел, что знаю только науку, которой всецело посвятил себя, и все, что не относится непосредственно к моей науке, меня не интересует. Студенты были очень недовольны мною за такую постановку себя к их студенческому делу, но мне не удалось тогда уйти от клевет, ничем не заслуженных.
…Закрытый университет был вновь открыт для тех, которые покорились воле правительства и взяли матрикулы, повинуясь предписанным в них правилам, которые не принявшими матрикул считались стеснительными…Количество покорных властям не составляло и трети студенческого сословия, да и взявшие матрикулы не посещали аудитории, так что хотя университет объявлен был открытым, но читать в нем было не для кого… Между тем грозные слухи приходили о студентских смутах, совершающихся в других университетских городах…Впоследствии явилось мнение, что и в Петербурге волнению молодежи содействовали поляки, готовившие у себя восстание и желавшие произвести всеми силами беспорядок в русском обществе. Насколько я мог следить и заметить, это мнение едва ли основательно…Каков бы ни был москаль, либерален ли он или консервативен, — для них было все равно: достаточно того, что он москаль и не католик, — он уже им чужой…Студенческое дело производилось до конца 1861 года…За несколько дней до праздника Рождества Христова университет вторично был закрыт и уже на долгое время… Так как университет был закрыт, и неизвестно было, когда он откроется, то, желая сохранить за мною профессорское содержание, министр Головнин оставил меня при должности члена-редактора в Археографической комиссии с сохранением профессорского жалованья на три года».