Действия обеих сторон в Эгейском море сдерживались нехваткой денег. В Афинах на монеты были переплавлены серебряные и золотые предметы из храмов. И Афины, и Спарта назначили в подчиненных и союзных государствах губернаторов, размещали гарнизоны и взимали контрибуцию на ведение войны. Алкивиад ввел 10-процентную пошлину на товары, проходящие через Босфор. Фрасилл, командуя собранным в Афинах флотом из 50 кораблей, в 409 г. грабил азиатское побережье и потерял при этом 400 человек. В 408 г. Алкивиад захватил богатую добычу у Фарнабаза и взял контрибуцию с Халкедона, а в 407 г. добыл 100 талантов, разграбив побережье Карии. Подобные отчаянные методы усилили враждебное отношение при персидском дворе. Тем временем в Афинах была восстановлена система государственного жалованья, а Клеофон ввел выплату двух оболов (diobelia) бедным. Пелопоннесцы получали от Фарнабаза достаточные субсидии, чтобы удерживать плацдармы в Ионии и на Геллеспонте и содержать гарнизон в Византии с 410-го до зимы 408/07 г., когда город в результате измены был взят ночью армией Алкивиада. В материковой Греции Спарта захватила Пилос, а мегаряне зимой 409/08 г. взяли Нисею. Афиняне отплатили, нанеся поражения мегарянской армии, которая была тогда усилена спартанскими отрядами, но продолжать сухопутные действия не стали, чтобы не подвергать риску ограниченные ресурсы государства. Персия продолжила нерешительную войну на истощение, Фарнабаз в 408 г. заключил местное перемирие с Алкивиадом, а к персидскому двору прибыли послы от обеих сторон. В марте 407 г. Дарий отправил вице-царя, своего младшего сына Кира, контролировать ситуацию во всех прибрежных районах и оказывать поддержку Спарте. По пути Кир встретил афинских послов. Чтобы сохранить в тайне свою новую политику, он продержал их в заключении три года и лишь потом освободил.
Весной 407 г. Алкивиад пребывал на вершине успеха. Он начал движение в сторону Афин, захватив добычу на 100 талантов и проведя разведку Гитеона, морской базы Спарты в Лаконии. Приближаясь к родным водам после восьмилетнего отсутствия, он узнал, что в число полководцев, избранных на 407/06 г., попали он сам, Фрасибул, только что покоривший Тасос, и Конон, занимавший эту должность при правлении Совета пяти тысяч. В праздничный день в конце мая Алкивиад вошел в Пирей во главе своей эскадры. Взглянуть на самого великого в тот момент афинянина собрались толпы народа – одни с восхищением и любовью, другие с подозрением и ненавистью. Сперва Алкивиад неподвижно стоял на юте; затем, увидев, что собрались его друзья, сошел с корабля и вместе с ними направился в город. Народное собрание и совет снова не смогли устоять перед его ораторским искусством. Он был освобожден от наложенного на него проклятия и назначен верховным командующим всеми афинскими силами. Триумфальный поход его эскадры от Византия через Эгейское море возродил у граждан мечты о великой империи, и теперь Алкивиаду была оказана честь – он возглавил государственную процессию, которая впервые после оккупации Декелеи направилась по Священной дороге в Элевсин. К осени 407 г. он отбыл, имея под командованием 100 кораблей, 150 человек конницы и 1500 гоплитов, в надежде восстановить полный контроль над империей.
Назначение Кира хранилось в глубоком секрете. Еще до отплытия Алкивиада новый спартанский командующий Лисандр через Родос добрался до Эфеса. Там он собрал 70 кораблей, завоевал доверие Кира и получил от него деньги, чтобы платить больше, чем афиняне, наемникам-морякам. Затем он получил подкрепления с Хиоса, оснастил 90 кораблей и стал ждать подходящего случая. Главный флот афинян находился в Нотии под командованием Антиоха, заместителя Алкивиада. Сам же Алкивиад, не сумев покорить Андрос и теперь желавший объединить афинские эскадры, с отборным корпусом гоплитов направлялся на встречу с Фрасибулом в Фокею. Он приказал Антиоху не нападать на флот Лисандра. Тем не менее Антиох спровоцировал бой. Он плыл с 10 быстроходными кораблями мимо пелопоннесской стоянки, когда его корабль перевернулся и затонул. Лисандр, которому дезертиры сообщили об отсутствии Алкивиада, поспешно бросил весь свой флот в погоню за остальными афинскими кораблями и застал основной афинский флот в тот момент, когда он в беспорядке выходил из Нотия. Афиняне потеряли 22 корабля. Эта битва произошла в начале 406 г. В дальнейшем Лисандр не рисковал сражаться с более многочисленным флотом, собранным Алкивиадом, но он захватил Дельфиний – крепость на Хиосе, которую афиняне удерживали пять лет. В Афины поступали жалобы на Алкивиада от его моряков и от союзников, чьи земли он разорил. Весной состоялось избрание десяти полководцев на 406/05 аттический год. Алкивиад избран не был. Согласно особому указу он должен был немедленно передать командование Конону. Не желая представать перед афинским судом, Алкивиад отправился в добровольное изгнание в свою крепость в Херсонесе.
Конон уменьшил количество своих кораблей до 70, надеясь, что от этого возрастет их эффективность. Вскоре ему уже противостоял новый спартанский флотоводец Калликратид, не пожелавший выклянчивать у Кира субсидии и больше полагавшийся на поддержку греческих государств в Азии. В июне 406 г. Калликратид с флотом из 140 кораблей застиг флот Конона в море, преследовал его до митиленской гавани и захватил 30 кораблей, команды которых спаслись на берегу. Оставшаяся часть эскадры оказалась в блокаде; вести об этом дошли до Афин лишь благодаря тому, что одна трирема прорвалась через вражеский строй. Вскоре после этого новый командующий, Дилмедон, прибывший на смену Конону, в результате неожиданной атаки Калликратида потерял 10 из 12 кораблей. В условиях серьезного кризиса народное собрание решило организовать экстренный выпуск золотой монеты и даровать гражданство значительному числу метеков, иностранцев и рабов; вероятно, именно в этот момент афиняне обратились за помощью к карфагенянам, вторгшимся на Сицилию. В течение месяца город набрал экипажи для 110 кораблей – всего около 22 тысяч человек; нехватку моряков восполнили за счет всадников. Позже 10 кораблей предоставили самосцы; во флот вербовали также людей из подчиненных государств. В августе Калликратид узнал о приближеении более 150 кораблей афинского флота. Он оставил Этеоника с 50 кораблями продолжать блокаду Митилены, а сам со 120 кораблями направился к мысу Малея и там увидел огни афинского флота на Аргинусских островах, приблизительно в 20 милях от себя. Он принял смелое решение отплыть в полночь, чтобы на рассвете застать афинский флот врасплох, но разразилась свирепая буря, и к рассвету флот еще не достиг островов. Афинский флот с отдохнувшими за ночь моряками вышел в море. Так началась величайшая битва греков с греками со времен сражения при Сиботе.
Восемь командиров афинского флота поняли, что в данном случае вражеский флот превосходит их и в морском искусстве, и в тактическом мастерстве. Чтобы предотвратить прорыв сквозь свой строй отдельных кораблей, которые после этого смогут таранить их в борта, афиняне построили фланги в два ряда, а центр, прикрытый одним из Аргинусских островов, в один ряд. Калликратид разделил свой флот на две флотилии, построив каждую в одинарную линию, и напал на оба афинских фланга. Сам он командовал группой из 10 спартанских кораблей на правом фланге. Калликратид погиб в начале сражения, 9 спартанских кораблей утонуло, а весь правый фланг был смят и бежал на юг. Левый фланг сражался под командованием фиванского полководца Фрасонда. Его флотилия в конце концов тоже обратилась в бегство. Афиняне потеряли 13 кораблей потопленными и 12 выведенными из строя, у пелопоннесцев было потоплено 75 кораблей. Афинские командующие отрядили 47 кораблей под командованием двух капитанов Ферамена и Фрасибула подобрать тонущих афинских моряков и трупы, сами же отплыли к Митилене, надеясь захватить Этеоника и его 50 кораблей. Но с севера налетел шторм. Они отступили, и ночью Этеоник бежал на Хиос. Тем временем афинянам не удалось спасти в бурном море тонущих моряков и 12 поврежденных кораблей. По оценкам, с жизнью рассталось около 20 тысяч греков.
Энергия, проявленная Калликратидом на море, побудила к действию и Агиса в Декелее. В начале 406 г. он попытался ворваться в Афины, организовав ночную атаку силами 14 тысяч гоплитов, 14 тысяч легких пехотинцев и 1200 всадников. Передовые посты он захватил врасплох, но на городские стены вовремя поднялись защитники. Затем афинская армия вышла из города, вызывая врага на битву под городскими стенами, где ее прикрывал бы огонь со стен. Агис не пожелал сражаться в таких условиях, но и афиняне не стали наступать. Этот инцидент потрепал горожанам нервы, и на ночь стали выставляться дополнительные дозоры.
Победа афинян при Аргинусских островах была омрачена потерей 5 тысяч человек. Вести об этом вызвали глубокое возмущение, которым воспользовался Архедем, вождь демократов и администратор диобелии. Он обвинил перед народным судом одного из полководцев, действовавших в Геллеспонте, Эрасинида, в растрате и бездарном командовании. Эрасинида посадили в тюрьму, а совет решил арестовать и других полководцев. Двое из них бежали. Остальные пятеро – Аристократ, Диомедон, Лисий, Перикл (сын великого политика) и Фрасилл, возглавлявший в 411 г. демократию на Самосе, – предстали перед народным собранием. Капитаны кораблей, не сумевшие спасти тонущих людей – Ферамен, Фрасибул и другие, – ожесточенно обвиняли полководцев, но те умело защищали себя, да и свидетельские показания были в их пользу, и, возможно, их оправдали бы, если бы голосование успели провести до наступления ночи. Прошло несколько дней, в течение которых афиняне праздновали Апатурии, праздник фратрий, а родственники оплакали своих мертвых. Когда народное собрание продолжило работу, народ был настроен к полководцам более враждебно, и многие явились на собрание в темных одеяниях и с обритой головой в знак траура.