Стиль правления Филиппа можно определить как авторитарный и бюрократический. У него были фавориты, служители, которыми он очень дорожил, но никогда не делил с ними не только своей верховной власти, но даже своих правительственных забот. Он сам был своим первым министром и до самой старости хотел все видеть своими собственными глазами. О своих правах, как и о своих обязанностях он имел самое высокое понятие и считал себя главным слугой страны. Королевское звание, говорил он, есть должность, и при том самая важная из всех. Отправляясь в Эскориал из Мадрида, король брал с собой массы деловых бумаг. Из некоторых его писем явствует, что он засиживался за бумагами до глубокой ночи, покидая рабочий стол лишь тогда, когда чувствовал крайнюю усталость и изнурение. Трудолюбие его было невероятно: он подробно рассматривал содержание депеш своих посланников, делая многочисленные пометки на полях. Его секретари посылали ему заранее написанные ответы на все доклады, но он пересматривал содержание этих ответов и своими поправками показывал как свою проницательность, так и глубокое понимание каждого дела. Это достоинство имело и обратную сторону, так как король в своей дотошности часто доходил до неважных мелочей, подолгу вникал в каждый вопрос и постоянно отлагал решение срочных дел.
Добиваясь централизации государственной власти, Филипп II придавал огромное значение религиозной политике. Он обладал правом выдвигать кандидатов на епископство и тем самым мог оказывать существенное влияние на церковь, нередко конфликтуя на этой почве с папой. Не считаясь с мнением Святого престола, Филипп II реформировал испанскую структуру епископств, разделив Кастилию на 5 архиепископств и 30 епископств, а Арагон соответственно – на 3 архиепископства и 15 епископств. В незатронутой Реформацией Испании духовенство, объединявшее в своих рядах приблизительно 90 тыс. человек, превратилось в оплот борьбы за «чистоты веры». Испанская Инквизиция с 15 трибуналами превратилась в агрессивное орудие противоборства с протестантизмом. В 1559 г. в Вальядолиде и Севилье были «разоблачены» группы лютеран, которые предстали перед трибуналом Инквизиции и были приговорены к смерти. Сам Филипп принимал участие в их казни в Вальядолиде. В дальнейшем Инквизицию не останавливали имущественное положение, ни епископский сан, ни профессорское звание обвиняемых. Ужесточилась цензура, в первую очередь в отношении ввозимых книг. Испанские богословы сыграли большую в подготовке и проведении Триентского собора 1564 г., давшего толчок Контрреформации. Филипп II всеми силами претворял в жизнь решения собора в своем королевстве. К тому же, мотивируя свою имперскую политику служением Богу и церкви, королю удалось использовать финансовые ресурсы испанской церкви к собственной пользе. Принцип «государственной церковности» не оставлял никаких сомнений в главенстве светской власти и государства над церковью в Испании, которое Филипп отстаивал, даже противодействуя интересам папы.
Энергичное выступление Филиппа против Реформации трудно понять вне контекста международной борьбы. Филипп опасался формирования коалиции протестантских государств, а также поддержки с их стороны сепаратистских движений в самой Испании. В годы своего правления Филиппу пришлось столкнуться с восстанием морисков в Гранаде в 1568–1571 гг. и бунтом арагонцев в 1590–1592 гг. Корни этих конфликтов были совершенно различными, однако Филипп подозревал в обоих случаях вмешательство извне – турецкое в Гренаде и французское в Арагоне.
Морисками называли арабов, которые осели в Испании после завершения Реконкисты. Со времени падения Гранады (1492) мавры, чтобы избавиться от насилий и вечной угрозы изгнания, массами принимали католичество, но, исполняя все церковные обряды, многие из них на деле оставались верны исламу. Путем систематических притеснений и предъявления морискам трудноисполнимых требований (например, запрещения женщинам закрывать лицо на улице, повеления выучиться в три года испанскому языку, устраивать все домашние празднества так, чтобы любой прохожий мог войти в дом, и т. д.) правительство поставило арабское население Гренады в очень тяжелое положение. В 1568 г. мориски начали отчаянную вооруженную борьбу. Их восстание длилось больше двух лет, пока испанские солдаты под началом сводного брата короля дона Хуана Австрийского не положили ему конец. После варварского усмирения, сопровождавшегося свирепыми массовыми казнями, Филипп велел выселить всех морисков их страны. Очень многие из них были проданы в рабство, некоторые переселены в Старую и Новую Кастилию, а также в Эстремадуру.
Арагонский кризис начался уже в последнее десятилетие правления Филиппа, и был вызван нарушением особых прав и свобод арагонской короны, которые тщательно берегло арагонское дворянство и соблюдать которые Филипп поклялся в 1563 г. Как и в нидерландском кризисе, в арагонской политике Филипп недооценил силу своего противника. Когда в 1588 г., вопреки традициям, он назначил вице-королем Арагона кастильца, арагонцы усмотрели в этом нарушение своих прав. Вскоре произошел новый скандал. Бывший королевский секретарь Антонио Перес, отец которого был арагонцем, был арестован по обвинению в растрате, но сбежал в Сарагосу, чтобы предстать перед Верховным судом Арагона. Обнародовав секретные государственные документы в расчете на защиту арагонской юрисдикции, беглец тем самым спровоцировал кастильскую центральную власть. Филипп приказал Инквизиции предъявить Пересу обвинение и вывести его из-под арагонской юрисдикции. Это послужило сигналом к массовым беспорядкам, в ходе которых был смертельно ранен вице-король Арагона. Вскоре войска Филиппа вошли в Сарагосу. Зачинщики бунта, среди которых был член арагонского Верховного суда, были казнены. Но Антонио Пересу удалось скрыться во Франции, где он стал козырем направленной против Филиппа пропаганды. Напряженность между бюрократическим, кастильским по духу центральным государством и традиционными региональными государственными правами, прежде всего в Арагоне, долго оставалась главной проблемой испанской истории.
Несмотря на убежденность Филиппа II в том, что события в Арагоне и Гренаде были инспирированы извне, оба кризиса оказались очень символичны. Становление абсолютистской системы не привело к адекватной консолидации различных частей многонациональной державы Филиппа II. Даже Пиренейский полуостров продолжал оставаться конгломератом феодальных владений, объединенных личной унией. Население разных частей Испании говорило на нескольких самостоятельных языках: кастильском, арагонском и каталонском, хранило верность своей самобытности и ревностно отстаивало древние привилегии. Основное налоговое бремя ложилось на Кастилию, наиболее густонаселенную и богатую часть королевства. Сохранялись сословные собрания, кортесы, объединявшие, как правило, представителей дворянства, городов и духовенства, – по-прежнему важные, традиционные и регионально ориентированные управленческие структуры Испанского королевства. Они распоряжались финансовыми средствами, в которых особенно нуждался король. За свое правление Филипп 12 раз созывал кастильские кортесы для выколачивания денег.
На территории королевства Арагон собственные кортесы, собиравшиеся в Монсоне, представляли Арагон, Каталонию и Валенсию. Считаясь в принципе с правовым статусом кортесов, Филипп, как и его отец, пытался сдерживать их влияние. В 1538 г. Карл V признал освобождение дворянства от прямых налогов, после чего их представителей больше не приглашали на кастильские кортесы. Подобное произошло и с представительством духовенства. Поэтому когда Филипп II вступил на кастильский престол, местные кортесы выступили против него лишь в составе 36 представителей от 18 городов: Бургоса, Сории, Сеговии, Авилы, Вальядолида, Леона, Саламанки, Саморы, Торо, Толедо, Куэнки, Гвадалахары, Мадрида, Севильи, Кордовы, Хаэна, Мурсии и Гранады. В 1567 г. Филиппу удалось добиться того, что представителей городов больше не связывали обязательные мандаты, на заседаниях они могли принимать решения независимо, по своему усмотрению. Даже если власть кортесов нисколько не убавилась, влияние короля на них возросло, что подготовило путь к абсолютизму в Испании.
Филиппу II удалось значительно оттеснить высшее испанское дворянство от центров власти, высших органов управления и кортесов. Разумеется, король уважал широкую судебную и общественно-политическую компетенцию порой почти неограниченной власти дворянства, а также церкви и городов. Повседневная жизнь преобладающего большинства почти восьмимиллионного (1590) населения Испании в значительной степени определялась местными и региональными факторами, большинство жителей пребывали в зависимости от местных господ, прежде всего грандов. К концу правления Филиппа II эта группа высшей аристократии, сокращенная Карлом V до 25 семей, благодаря королевским привилегиям выросла. Так, например, Филипп возвысил друзей детства, князей Эболи, ставших позднее дельными советниками, до звания грандов, и тем самым расширил королевскую клиентелу в высшем кастильском дворянстве. Основная же масса благородного сословия – около 10 % всего населения (на порядок больше, чем в других европейских странах) – состояла из среднего дворянства и мелкопоместных идальго. Последние по своему имущественному положению зачастую ничем не отличались от крестьян, что карикатурно изобразил М. Сервантес в «Дон Кихоте».