Неудача Филиппа в Нидерландах тесно переплетается с провалами его английской политики и не в последнюю очередь – с войной против Франции 1590 г. Соперничество с Англией, угрожавшей испанской колониальной торговле, осложнялось династическими спорами и религиозной враждой. После смерти английской супруги, Марии Тюдор, Филипп тщетно пытался устроить свой брак с ее сводной сестрой, новой королевой Англии, Елизаветой. После 1559 г. при Елизавете Англия окончательно стала протестантской. В 1570 г. папа Пий V отлучил английскую королеву от церкви. Поэтому Филипп и испанские Советы чувствовали себя обязанными вернуть Англию к старой вере. После поражения в 60-е гг. поддержанного им католического повстанческого движения в Англии и открытых столкновений между Испанией и Англией в последующие годы за океаном и в Нидерландах, Филипп решился на вторжение на остров. Папа Сикст V особой буллой призвал католиков к крестовому походу, к священной войне с Англией и ее «королевой-еретичкой» – Елизаветой. Испания стала готовить вторжение, был снаряжен большой флот – «Непобедимая армада» – основу которого составили 130 тяжелых кораблей, имевшие на борту 19 тыс. отборных солдат и более 2 тыс. орудий. Армада должна была пройти в Дюнкерк, взять там на борт испанские войска, находившиеся в Нидерландах, и затем высадить десант в устье Темзы, недалеко от Лондона. Испанцы рассчитывали, что их вторжение будет поддержано восстанием английских католиков.
Английская королева имела тогда не более 30 кораблей, к которым присоединилось полторы сотни частных судов. К счастью для Англии, страна уже обладала тогда достаточным количеством хороших моряков. К тому же бури и противные ветры сделались грозными врагами испанцев. Едва эскадра вышла из Лиссабона (август 1588 г.), над ней разразилась страшная буря, разметавшая корабли в разные стороны. Более 50 кораблей испанцы потеряли возле скалистых Оркадских и Гебридских островов, а также в опасных проливах у берегов Шотландии. В бурном море у бесприютных берегов тяжелые испанские корабли сделались легкой добычей быстрых и маневренных английских судов, имевших превосходство в артиллерии. На западном побережье Ирландии было взято в плен 5 тыс. испанцев. В испанские порты вернулись лишь 10 тыс. человек на 86 кораблях. С гибелью Непобедимой армады берега Испании оказались открыты для английских пиратов. В 1596 г. англичане взяли и разграбили Кадис.
Неудачей закончились и войны Филиппа во Франции. Он потратил огромные средства на поддержку Католической лиги, а после гибели в 1589 г. Генриха III выдвинул в качестве претендентки на французский престол свою дочь Изабеллу. Испанцы начали войну с Генрихом IV, овладели Руаном, Парижем и некоторыми городами в Бретани. Но вскоре как протестанты, так и католики объединились для борьбы с иноземцами. В 1594 г. Генрих взял Париж. В 1598 г. был подписан Вервенский мир, не давший Испании никаких выгод.
Особняком во внешнеполитическом курсе Филиппа II стоит португальская проблема. Тесные отношения с Португалией лежали в основе имперской политики Карла V и Филиппа II. Этому служили оба брака с португальскими принцессами. Но еще в период правления Мануэла I (1495–1521) Португалия превратилась в динамично развивавшуюся, влиятельную в экономическом и политическом отношении страну. Она не имела постоянной армии, но обладала мощным флотом. Португальцам удалось гораздо с большим, чем испанцам, эффектом использовать результаты колониальных захватов. Купеческий капитал в Португалии был гораздо сильнее, чем в Испании, да и дворянство с большей охотой принимало участие в колониальных экспедициях и предприятиях. Мануэл I всецело использовал завершения реконкисты для укрепления позиций королевской власти. При нем фактически складывается основа португальского абсолютизма. Опорой в этом процессе послужили городские советы и мелкое дворянство. В отличие от Испании, Мануэлу I удалось добиться унификации административного устройства страны, кодифицировать законодательство, отменить многие местные привилегии (форалы). Постепенно складывался централизованный чиновничий аппарат, уменьшалось политическое значение кортесов и, напротив, возрастало значение Государственного совета.
При Жоане III (1521–1557) становление португальского абсолютизма продолжилось. В общественной жизни Португалии значительно выросла роль церкви, огромные масштабы приобрела деятельность Святой инквизиции и ордена иезуитов. Однако при Себастьяне I (1557–1578) португальская монархия вступила в длительную полосу кризиса. В стране рос сепаратизм местных дворянских клик. Португальское купечество быстро теряло свои позиции на европейских рынках. Гибель Себастьяна I и переход короны к престарелому кардиналу Энрике, младшему брату Жоана III, лишь усугубила эти проблемы. Португальский престол оказался без наследников. Развязка наступила в 1580 г., когда после смерти кардинала Энрике, в Португалию вторглась большая армия герцога Альбы. Испанцы разгромили противника в битве у Алькантары и захватили Лиссабон. В 1581 г. Филипп приехал в покоренную страну и принял «изъявление покорности» от своих новых подданных.
Объединение двух стран имело характер личной унии. Испанский монарх был провозглашен королем Португалии под именем Филиппа I. Он обещал португальским кортесам охранять самостоятельность Португалии, уважать права и привилегии португальского народа, назначать на государственные должности только португальцев и учредить из них особый совет, который должен был повсюду сопровождать короля и руководить португальскими делами. Колонии немедленно покорились испанскому владычеству, но в самой Португалии долгое время не ослабевала борьба против захватчиков. С тех давних дней у португальцев сохранилась поговорка: «Из Испании не идет ни хорошего ветра, ни хорошего быта» («De Espanha nem bom vento, nem bom casamento»). Испанцы платили португальцам тем же, пренебрежительно называя их «малочисленными и сумасшедшими» («Portugueses pocos у locos»). Все первоначальные обещания Филиппа были нарушены – португальские интересы всегда приносились в жертву испанским, кортесы созывались только один раз (1619 г.), на главные должности постоянно назначались испанцы, овладевшие многими португальскими землями. Недовольство населения вызывала потеря ряда богатых колоний. Колониальное могущество Португалии фактически было сломлено соединенными усилиями голландцев, англичан и французов, завладевших половиной Бразилии, Молуккскими и Азорскими островами, Суматрой.
Все более сложным становилось и положение Испании. Цена, заплаченная за господство над половиной Европы, была огромной. Благодаря американским золотым рудникам Филипп II стал самым богатым из всех христианских монархов. Но золото не задерживалось в его руках. Содержание армий, дорогостоящего двора, подкуп огромного количества тайных агентов во всех странах, а главное – уплата грабительских процентов по прежним долгам, требовали все больших и больших сумм. Испания оказывалась недостаточно богата, чтобы расплачиваться за свою славу. При внешнем величии к концу царствования Филиппа II все в ней пришло в упадок – и торговля, и промышленность, и флот. Постоянно возраставшие расходы перекрывали все статьи доходов. Филипп принужден был прибегать к самым изощренным средствам для пополнения казны, но она во все время его царствования оставалась пуста. Потребность в деньгах постоянно господствовала над всякими другими соображениями. Не было таких интересов, прав и традиций, которые не приносились бы в жертву для ее удовлетворения. Доходы королевства были заложены задолго до их получения. Народ был доведен налогами до полной нищеты. С 1596 г. волна эпидемий и голода унесла жизни большого количества людей. В следующем году испанское население сократилось на 10 %. Считается, что всего в годы правления Филиппа население Испании сократилось на 2 млн человек за счет умерших от голода и эпидемий, погибших в войнах, эмигрировавших в Америку и бежавших от преследования Инквизиции.
Противники Филиппа II в Европе: Англия, Франция, Нидерланды и протестантские германские князья, объединялись в своем противостоянии испанской угрозе. Однако Филипп продолжал упорствовать в своем внешнеполитическом курсе, ссылаясь на необходимость защиты веры. Лишь в последний год его правления (1598) после мирного договора с Францией (Вервенского) и передачи Нидерландов дочери Изабелле, которая в 1599 г. вышла замуж за эрцгерцога Альбрехта Австрийского, наступил перелом. Стало очевидно, что испанских сил для осуществления широкомасштабных операций уже было недостаточно.
В июне 1598 г. Филипп II выезжает из Мадрида в Эскориал. Это был уже дряхлый, тяжелобольной старик, чувствовавший приближение смерти. В последний раз оговариваются детали похорон, и рядом с кроватью ставится гроб. С крестом в руке, который держали в свои последние часы его отец и мать, Филипп, с удивительной стойкостью переносивший тяжелейшие боли, умер в Эскориале 13 сентября 1598 г.