В статьях на современную ему тему Костомаров умудрялся наговорить такого, что только больше разжигало эмоции. К счастью, на этих трех статьях, где всем и обо всем он открыл правду, историк остановился и снова обратился к интересующей его старине.
«Печатая мою историю Новгорода и Пскова, — писал он, — я в ту же осень принялся заниматься историею Смутного времени Московского государства в начале XVII века, и, каждый день посещая Публичную библиотеку, изучал источники эпохи, которую предполагал обработать. Во всей древней севернорусской истории не было такого другого периода, в котором бы народ был до такой степени предоставлен самому себе и собственными силами должен был отстаивать свое политическое, общественное и религиозное существование от внешних нападений и внутренних неурядиц и где он невольно должен был показать весь запас собственных духовных сил, необходимых для своего спасения. Эпоха эта, страшная и кровавая, заключала в себе утешительного то, что народ, перенесший ее, вышел из нее с торжеством, отстоявши, по крайней мере, свою независимость и свой общественный строй с теми началами, с какими установился прежде…Приступая к Смутному времени, я был верен себе и своей задаче работать над историею народа. Я работал над эпохою Хмельницкого и Выговского, где главным образом выказывалась деятельность народной массы; меня увлекала история Новгорода и Пскова, где также на первом плане была народная масса; меня заняла сильно эпоха дикой самодеятельности народа, проявившейся в бурное восстание Стеньки Разина. Точно по тем же побуждениям изучать и выражать в истории народную жизнь принялся я и за Смутное время Московского государства в начале XVII века.
В начале 1863 года я съездил на непродолжительное время в Москву, где систематически осмотрел все монастыри и много церквей, имевших историческое значение, а по возвращении оттуда выпустил в свет свою историю Новгорода и Пскова, давши ей название „Севернорусские народоправства"… по выпуске его в свет я получил от некоторых знакомых мне ученых лиц замечание, что название „Севернорусские народоправства" слишком вычурно, с чем я мало-помалу согласился и впоследствии перепечатал заглавный листок, давши этому сочинению другое название, гораздо проще: „История Новгорода, Пскова и Вятки". Впрочем, первоначальное название остается для меня предпочтительнее. Сочинение это встречено от некоторых с похвалою, от других с упреками; иные видели у меня исключительное пристрастие к Новгороду, поклонение его свободе, других коробило то, что я указывал на сходство древнего новгородского наречия с малорусским и на этом основании делал предположение о древнем сродстве новгородцев с южнорусским племенем». На это сравнение великорусские патриоты могли только злобно шипеть. Впрочем, особенного шипа тут не было. Но Костомарову ли не превратить тихий шип в звериный рев?
В 1864 году в издаваемом от Академии наук календаре он опубликовал исторический очерк Куликовской битвы. Вот на нее-то с такой яростью и кидался Аверкиев. Возражения первого мы уже знаем, послушаем объяснения второго. «Статья эта не менее „Ивана Сусанина” навлекла на меня разнородные обвинения в недостатке патриотизма и в злонамеренности моих способов обращаться с событиями русской истории. Дело было в том, что я, руководясь источниками, указал на такие черты в личности Димитрия Донского, которые противоречили сложившемуся о нем и ставшему как бы казенным мнению как о доблестном и храбром герое княжеских времен. Против меня поднялась целая буря патриотического негодования. Бывший тогда председатель Археографической комиссии Авраам Сергеевич Норов, старик хотя добрый и образованный, но считавший нравственным долгом казаться завзятым патриотом, так озлобился против меня за эту статью, что почти не мог выносить моего присутствия в заседаниях Археографической комиссии. В ученом отношении эти попытки оказывались очень слабыми, потому что за них брались люди, заслуживавшие одобрение только за свой патриотизм, а никак не за ученость. К ним следовало отнести и Погодина, который писал на меня в газете „День" ряд статей, главным образом указывая на мою склонность к какому-то недоброжелательству к России — унижать великих людей русской истории. Я защищался против него на страницах газеты „Голос"; но правду надобно сказать, что в ту пору я еще не освободился вполне от старой привычки слепо и с верою держаться известий в том виде, в каком они передаются летописными источниками, мало вникая в то, что самые источники по разным причинам нередко являются лживыми, даже без умышленного обмана. Так произошло и в вопросе о Димитрии Донском. Погодину и другим моим противникам очень не нравилось известие летописной повести о том, что Димитрий Донской перед Куликовской битвой надел свое великокняжеское платье на своего боярина Бренка, а сам в одежде простого воина в конце битвы очутился лежащим под срубленным деревом. Это имело вид, как будто великий князь Московский, желая сохранить собственную жизнь, выставил на убой своего верного слугу, а сам оказался в самой битве трусом. Погодин силился всеми натяжками объяснить это событие в хорошую для Димитрия сторону и, конечно, не мог; я же старался показать истинный смысл, какой представляло летописное повествование; но ни я, ни Погодин не обратили внимания, что самая эта летописная повесть не выдерживает критики и должна быть отвергнута, о чем я и заявил уже впоследствии в своей „Русской истории в жизнеописаниях". Впрочем, трусость Дмитрия Донского, которою так оскорблялись Погодин и другие мои противники, кроме этого события, не выдерживающего критики, неоспоримо доказывается постыдным бегством Московского великого князя из столицы во время нашествия на нее Тохтамыша».
Что тут скажешь? Костомаров, действительно, разбивал «народные кумиры», причем разбивал со знанием дела и без всякой жалости. Рев патриотов звучал еще очень долго. Они ему эту Куликовскую битву и этого Сусанина поминают даже сегодня. Напечатанная в то же время «Ливонская война» прошла на фоне Донского и Сусанина практически без эмоций.
Но самая большая и тяжелая работа велась над эпохой Смуты: над старинными текстами Костомаров сидел зимой 1864 на 65 год и весну 1865-го, работал без передышки, иногда целыми ночами, и в конце концов его организм не выдержал: у Николая Ивановича появились слуховые и зрительные галлюцинации. Он не мог спать. Он стал хуже видеть. Как средство избавления от наваждения — от истории Смуты, он выбрал отвлекающую поездку в Варшаву, хотя она и предполагала работу с польскими источниками по Смуте, но в свободное время историк посещал театры, музеи, церкви и кладбища. Когда он побывал на Повонзковском кладбище и увидел могилы с памятниками, запечатлевшими реальные исторические лица, оставившие след в истории Польши практически ему уже современной, у него явилась мысль заняться разработкой истории эпохи падения польской независимости. «Мне казалось, — пояснял он, — что недостаток исторической обработки этой эпохи составляет один из важнейших пробелов в нашей истории, и стоило приложить труд, чтобы его пополнить. Долгое время занятие историею падения Польши было почти немыслимо, потому что большая часть важнейших источников, относящихся к этому знаменитому событию, не только не была напечатана, но и самый доступ к пользованию ими не был дозволен. В нашей русской литературе, кроме „Истории падения Польши” Соловьева, не было ничего сколько-нибудь разработанного по этой части.
…Прежнее правительство наше долгое время считало изучение падения Польши как бы запретным плодом, и неудивительно, если польская молодежь, начитавшись об этом кое-чего из заграничных книг или из произведений польских эмигрантов, да вдобавок поддаваясь внушениям своих старых соотечественников, расхваливавших старое время и вздыхавших об уничтожении старых порядков, воображала себе бог знает сколько хорошего в том, чего не знала обстоятельно. Таким образом, Конституция 3 мая являлась их воображению таким безусловно-благодетельным актом народной мудрости, какому подобного едва можно отыскать во всей истории человечества, а эпоха восстания Костюшки представлялась доблестным всенародным движением за дело всеобщей свободы и всеобщих прав человечества. С другой стороны, политические силы, содействовавшие падению Польского государства, воображались в самом возмутительном виде, и факт раздела Полыни казался самым гнуснейшим актом насилия и коварства. Этот взгляд проповедовался поляками и между русскими — и те из русских, которых коробило от польских речей, не в состоянии были делать на них возражения, так как сами не менее поляков находились в неведении об этих вопросах…От этого в последнее время, незадолго до восстания шестидесятых годов, русская молодежь в известной степени симпатически относилась к польским политическим мечтаниям: находились русские, не только учившиеся истории, но и сами писавшие исторические статьи, которые по неведению местных вопросов, относящихся к Польше и вообще к Западному краю, склонны были верить, что Польша была демократична, — и вместе с тем готовы были признавать справедливость польских замашек — считать несомненною принадлежности Польши такие древние русские области, которые играли самую видную роль в русской истории дотатарского периода. Последнее восстание поляков просветило русский взгляд; сочувствие к польским претензиям уничтожилось после бесцеремонных выходок поляков, но правильного взгляда на своих врагов-соседей русские все-таки не получили. В патриотических статьях тогдашних русских газет это ярко выказывалось. Поляки возбуждали в русском обществе негодование, доходившее до ненависти, но полякам приписывали такие качества, каких вовсе не было в польской народности. Отдельные исключительные случаи, или признаки, общие всем народам в периоды мятежей и восстаний, провозглашались за характеристические черты польской народности. Чтобы поставить русское читающее общество на настоящую точку воззрений, надобно было представить ему беспристрастную картину старой польской жизни и событий, сопровождавших прекращение самобытности Польши. Эту-то задачу я задумал взять на себя в то время, как памятники Повонзковского кладбища расстилались перед моими глазами с воспоминаниями эпохи конца польской независимости». Позднее мысль была воплощена в исследовании «Последние годы Речи Посполитой».