Летом 1663 года он произнёс на Боборыкина такую двусмысленную анафему, что её можно было применить и к Алексею Михайловичу со всем его большим семейством.
Боборыкин, желая выслужиться в очередной раз, донес царю об анафеме. Алексей Михайлович срочно созвал архиереев, рассказал обо всем и, обливаясь горючими слезами, воскликнул: «Пусть я грешен; но чем виновата жена моя и любезные дети мои и весь двор мой, чтобы подвергать такой клятве?»
Архиерей с трудом успокоил царя, после чего подготовка к собору продолжилась с еще большим рвением.
В мае 1664 года в Москву поступили письма от восточных патриархов, которые не смогли приехать на собор, зато ответили обстоятельно на все вопросы, касающиеся дела Никона. Поведение бывшего патриарха они осудили, известив царя о том, что Русский Поместный собор имеет право своей властью решить все вопросы, возникшие в русской церкви.
Но Алексею Михайловичу хотелось большего. Он знал, что авторитет Никона стал возрастать в народе и среди священнослужителей. Кроме того, царь сомневался в безусловной победе своих союзников на предстоящем соборе. Он вновь отправил на Восток послов с требованием уговорить патриархов прибыть в Москву. Никаких денег не жалел Алексей Михайлович для столь важного дела: Никона нужно было уничтожить!
Некоторые историки почему-то считают Алексея Михайловича человеком нерешительным, склонным к полумерам. Но продолжающееся несколько лет мероприятие по подготовке и проведению собора по делу Никона говорит о том, что он мог решать сложнейшие задачи и никакими полумерами в принципиальных вопросах он не довольствовался.
Никон тем временем совсем загрустил.
В ноябре 1664 года он поддался на уговоры боярина Зюзина и решил вернуться в Москву… патриархом! Доводы боярина были так слабо аргументированы, что поверить в них мог разве что ребенок. Или утопающий, хватающийся за соломинку. Наивный Никон, как и все наивные люди, был вечным ребенком. К тому же — бурный поток жизни тянул его ко дну. Тут и Зюзину поверишь.
Первого декабря Никон явился в Успенский собор, участвовал в богослужении как патриарх и отправил в царский двор человека с сообщением для государя о своем приходе. Ну разве мог здравомыслящий человек пойти на подобный шаг после всего случившегося! Ну разве мог царь прибыть к Никону в Успенский собор 1 декабря 1664 года?! Да нет, конечно же! Но загнанный, затравленный Никон не был в те дни и не мог быть человеком здравомыслящим… Царь не вышел к нему. Никон покинул Москву. Наконец-то он понял, что опала его окончательна, что возврата к прошлому не будет.
Зюзина пытали, приговорили к смертной казни, но царь отменил приговор боярского суда, и боярина сослали в Казань. Не очень суровое наказание! Впрочем, не наказание Зюзина странно в этом деле, а то, как удалось Никону со свитою монахов Воскресенского монастыря незамеченными проехать несколько десятков километров, явиться в Успенский собор? Любой противник низвергнутого патриарха наверняка бы выставил охрану у ворот монастыря, лазутчиков, осведомителей. Наверняка так и было, особенно если учесть, что люди Боборыкина постоянно отслеживали все перемещения в Воскресенской обители. Незамеченным он бы не проехал от берегов Истры к Боровицкому холму, и последующие события косвенным образом подтверждают это. А значит, царь наверняка знал о поездке Никона с того момента, как карета опального владыки выехала из монастыря. Почему же он не остановил это действо в самом начале? Может быть, потому что последующая сцена в Успенском соборе была спланирована союзниками Алексея Михайловича и санкционирована самим царём.
Никон вернулся в Воскресенский монастырь опустошенным, разбитым. Теперь ему оставалось только покорно ждать собора и надеяться на Бога. Больше ему надеяться было не на кого. Он даже на свое полемическое мастерство не мог положиться, зная, что серьезной полемики на соборе не будет, будет судилище!
Не зная, к кому обратиться за помощью, Никон совершил еще одну ошибку. Он написал пространное письмо о своей распре с царем и боярами, раскритиковал Уложение 1649 года, осудил внутреннюю экономическую политику царя, изложил своё весьма нелицеприятное мнение о Паисии Лигариде… Это письмо, написанное в духе князя Андрея Курбского, не просто выносило сор из избы, но обвиняло царя, бояр, священнослужителей, и Паисия Лигарида, и всех восточных патриархов (!), не отреагировавших на приезд опального греческого митрополита в Москву. Оно наверняка не понравилось бы патриарху Дионисию, и Никон обязан был знать это.
Но утопающий хватается за соломинку. Воскресенский пленник передал письмо родственнику, которого схватили люди царя, зорко следившие за монастырем. Содержание письма возмутило Алексея Михайловича, но он даже после этого не рискнул созвать собор. Ему не нужны были полумеры, он мечтал о полной победе над Никоном и еще об одной победе, о которой, быть может, не догадывались ни его союзники-бояре, ни священнослужители.
Затянувшееся дело Никона сказалось на расколе в церкви. Противники нововведений в обрядах и исправлений в книгах почувствовали слабину со стороны церкви, надолго лишенной патриарха, и все смелее стали проявлять недовольство, как в Москве, так и в других городах России. Казалось бы, царь должен был обратить на данный факт внимание, забыть обиды, вернуть на патриаршую кафедру Никона, который активно начал реформы и который мог довести их до логического завершения, не допустив в России того, что произошло в других странах Европы, где реформационные процессы в церкви сопровождались братоубийственными войнами и гибелью сотен тысяч людей.
Алексей Михайлович наверняка знал о событиях недавнего прошлого в странах Западной Европы. Он обязан был знать, что в России разрастается раскол, что к недовольным реформой Никона стали примыкать некоторые иерархи, члены известных боярских семей, что раскольникам симпатизировали даже в царской семье! Царь наверняка знал об этом. Никон наверняка мог надеяться на то, что Алексей Михайлович призовёт его к себе.
Но государь обратился не к Никону, а к созванному весной 1666 года собору.
Этот религиозный форум признал реформу Никона правильной, а раскольников осудил. Более того, собор осудил приверженцев раскола, лишил их священных санов. Сразу после собора все осужденные, кроме протопопа Аввакума и дьякона Федора, покаялись и были прощены. Эта победа сторонников реформы Никона пользы ему не принесла. Данный факт является лишним доказательством того, что не гении выбирают и делают историю, а история выбирает и пестует гениев.
На весеннем соборе 1666 года дело Никона не разбиралось, союзники Алексея Михайловича копили силы. Осенью в Москву прибыли патриарх Александрийский Паисий и Антиохийский Макарий. Патриархи Константинопольский и Иерусалимский прислали в столицу письма, в которых выразили полное доверие своим коллегам и согласие на суд над Никоном.
«Великий собор» церковный начал работу в ноябре 1666 года. Он одобрил реформу патриарха Никона, а затем занялся делом Никона. В роли обвинителя выступал сам Алексей Михайлович. Со слезами на глазах он перечислил все нанесенные ему, православной русской церкви и государству «обиды». Никон защищался яростно и грубо. Досталось в его высказываниях всем, особенно восточным патриархам. «Ходите по всей земле за милостыней!» — сурово повторял обвиняемый. Многие присутствующие на соборе относились к приездам восточных патриархов и митрополитов с иронией, но держали эту иронию в себе. Никон говорил резко, и в этой резкости была его слабость, слабость затравленного собаками медведя.
Собор единодушно снял с него патриаршество, священство и отправил осужденного в ссылку в Ферапонтов Белозерский монастырь.
Единодушие в оценке деятельности Никона у многих поколебалось после того, как был зачитан составленный греческими патриархами приговор. В нем совершенно четко и ясно была прописана идея о безоговорочном приоритете светской власти над церковной. Заезжие греки прекрасно понимали, почему царь московский так долго и упорно ждал их. И они не подвели Алексея Михайловича.
Против явного возвышения светской власти над духовной воспротестовали некоторые иерархи русской церкви, причем все они являлись откровенными врагами Никона. Осудив своего противника, предпринявшего отчаянную попытку возвысить церковь над государством, они сказали «А». Но когда их «попросили» сказать «Б», они вдруг заартачились, не понимая, что весь глубинный смысл хорошо продуманного сценария «великого собора» церковного 1666–1667 годов как раз и состоял в разгроме тех, кому грезилась идея «Православной Священной Русской империи».
Великий собор осудил несогласных с тем, что светская власть должна стоять над церковной, а «Никон потому и пал, что историческое течение нашей жизни не давало места его мечтам, и осуществлял он их, будучи патриархом, лишь постольку, поскольку ему это позволяло расположение царя» (Платонов, стр. 443).