Вскоре после того, как было написано это письмо, появились слухи, которые впоследствии переросли в легенду о связи Екатерины с оккультизмом. Традиция утверждает, будто бы во время последнего приезда в Шомон перед передачей его Диане де Пуатье, королева-мать пожелала узнать судьбу сыновей и всей династии. Призвав Козимо Руджери, астролога и специалиста по черной магии, она попросила его применить свое искусство предсказания будущего. По свидетельству маршала де Реца, сына Екатерины Гонди, ближайшей подруги королевы-матери, Руджери установил в дальней комнате замка зеркало. Подобно волшебному зеркальцу из сказки, оно превратилось в экран, на котором по очереди проявились лица всех сыновей Екатерины, кроме Эркюля. Руджери сказал Екатерине: сколько раз каждое лицо промелькнет на экране, столько лет его обладателю предстоит править. Первым появился король Франциск: его лицо, едва различимое, мелькнуло в зеркале лишь один раз. За ним последовал младший брат, Карл-Максимилиан (впоследствии Карл IX), появившийся в зеркале четырнадцать раз, его сменил Эдуард-Александр (позднее Генрих III), чей призрачный лик проявился в зеркале пятнадцать раз. После Эдуарда-Александра проявилось и тут же исчезло изображение герцога де Гиза, а за ним явился сын Антуана де Бурбона Генрих, принц Наварры. Он действительно становился законным наследником трона, если роду Валуа будет суждено пресечься. Его образ мелькнул двадцать два раза. Екатерина, которая, после точного предсказания часа гибели Генриха, вряд ли сомневалась в способностях астрологов, не могла быть не поражена таким прогнозом.
Существует множество различных мнений о Екатерине и эпизоде с зеркалом, но насколько они справедливы, вряд ли можно судить. Когда Диана вступила во владение замком, то обнаружила множество оккультных предметов, включая начертанные на полу пентакли и другие зловещие указания на то, что королева-мать упражнялась в искусстве черной магии. Бывшая фаворитка, и раньше не любившая Шомон, никогда туда больше не возвращалась.
С первых дней правления старшего сына Екатерина мудро позволила всем политическим проблемам лечь на плечи братьев Гизов, оставив за собой драматический образ потрясенной горем женщины с детьми-сиротами — матери для всего королевства. Она знала, что в стране, раздираемой кризисами после гибели Генриха, строгие меры, необходимые, чтобы справиться с хаосом, сделают Гизов непопулярными. Не желая в глазах окружающих быть причастной к их методам и взглядам, Екатерина держалась в стороне, и всем оставалось только гадать: какова же ее истинная позиция. Даже если Гизы добьются успеха, они оттолкнут от себя определенные слои общества — ввиду своих радикальных религиозных взглядов, неудержимого честолюбия и растущего количества врагов. Екатерине казалось, что Гизам успеха не видать. Если бы Генрих продолжал править, наиболее насущными проблемами для него стали бы финансовый кризис королевской казны и религиозная реформа, угрожающая расколоть Францию. Останься он в живых, присутствие сильного монарха оказало бы сдерживающее влияние на враждующие группировки дворян и сохранило бы основы социальной иерархии нетронутыми. С его кончиной, однако, исчезла окруженная мистическим ореолом фигура сильного короля, помазанного на царство, под чьей властной рукой разрешаются все противоречия.
Екатерина могла только наблюдать, как кардинал Лотарингский борется за укрепление расшатанной экономики Франции. К началу правления Франциска II государственный долг составлял 40 миллионов ливров, в основном из-за войны в Италии и Северной Франции. Королевское содержание, составляемое налогами, упало до 10 тысяч ливров в год. Хуже всего, что большую часть долга требовалось выплатить немедленно. Гизы, начавшие новое правление с пышных даров многочисленным вассалам и выплаты собственных долгов, что не осталось незамеченным и не могло не сказаться на их репутации, теперь должны были найти выход. Кардинал решил вместо увеличения налогов резко сократить расходы, что и сделал в весьма жесткой форме. Королевские проценты с кредитов были сильно урезаны, пенсии — заморожены, магистраты и другие службы перестали получать жалованье. Французские солдаты, многие из которых еще возвращались из Италии, были демобилизованы без выплаты жалованья. У них были весьма существенные причины почувствовать, что их предали политиканы, отдавшие врагу завоеванные территории. Эти потерявшие иллюзии люди ныне были особо восприимчивы к идеям восстания. Впоследствии они вольются в ряды тех, кто будет убивать друг друга во время религиозных войн. Режим не терпел критики; любые протесты вызывали немедленные карательные меры. Кардинал Лотарингский, до той поры привыкший лишь к миру церковной, «шелковой» дипломатии, вскоре заявит: «Я знаю, что меня ненавидят». Обострялось религиозное противостояние, в то время как режим ужесточал меры против протестантов. Считается, что Екатерина обладала умеренными взглядами в отношении религии; на нее сильно влияли воззрения невестки, Маргариты, новой герцогини Савойской, а также других приближенных, симпатизировавших протестантам, но не являвшихся активными участниками Реформации. Многие поддерживали мягкую линию в отношении еретиков. Королева-мать получала жалобы и просьбы о помощи от главных деятелей протестантизма. Она сказала протестантскому пастору Франсуа Морелю, что постарается умерить преследование реформатов в обмен на обещание «не созывать собраний, жить скрытно и без скандалов». Однако она была не в состоянии спасти Анн дю Бурга, приговоренного к смерти перед кончиной Генриха. Дю Бург произнес пламенную речь в свою защиту, которая, как он знал, не могла изменить его участи, но позволяла выставить учение Кальвина в выгодном свете и придать ему самому ореол мученика. 23 декабря 1559 года его повесили, а затем сожгли на Гревской площади. Морель необдуманно прислал Екатерине гневное письмо, где говорилось: «Бог не оставит подобной несправедливости безнаказанной… и, раз Бог уже наказал последнего короля, понятно, что теперь Его карающая длань коснется королевы и ее детей». Не стоило пытаться таким способом добиться поддержки от Екатерины! Подобные выпады она воспринимала как вероломные оскорбления. Кроме того, она всегда подчеркивала, что ее предложение помочь вызвано лишь желанием избежать кровопролития и никак не связано «с истинностью или ложностью их доктрины».
Гизы продолжали сурово преследовать протестантов, что, как полагала Екатерина, не могло не разжечь пламени. Даже кардинал, зачинщик новых драконовских законов против еретиков, заявил Трокмортону: «Никто не испытывает такой ненависти к крайним мерам, как я». Несмотря на невозможность спасти Анн дю Бурга или облегчить участь реформатов, Екатерина поддерживала контакт с явными кальвинистами через своих друзей — умеренных протестантов. Правда, на тот момент ее руки оставались связанными. Хотя Екатерина не могла оказывать поддержку открыто, крайние кальвинисты получали помощь и защиту от других влиятельных лиц. Антуан де Бурбон был, несомненно, жалким типом, однако его брат Луи Конде являлся вдохновенной личностью, привлекавшей внимание. Конде разочаровался в брате и, движимый личными амбициями, фамильной гордостью, религиозными убеждениями и бедностью — ведь он был вторым сыном в семье — обнаружил, что новая религия предоставляет ему отличное поле для деятельности. Главное, от чего страдал Конде, было то, что, будучи потенциальным лидером оппозиции, он не обладал той легитимностью, которая была у его брат — первого принца крови, имевшего право претендовать на звание главы регентского совета.
Французское военное вмешательство против Англии в Шотландии обеспечило еще большую непопулярность Гизов. Когда Франциск стал королем Франции, он уже был королем Шотландии, благодаря женитьбе на Марии Стюарт, и вместе с женой претендовал на английский трон. К ярости королевы Елизаветы I царственная чета, подчеркивая свои притязания, выбрала для себя герб, объединяющий эмблемы Шотландии, Франции и Англии. В сентябре 1550 года Мария де Гиз, регентша Шотландии, столкнулась с восстаниями в своей стране, вызванными религиозной распрей и политической нестабильностью. Елизавета сделала все, что могла, дабы поддержать восстания на севере. Марию спасло от катастрофы лишь прибытие французских войск. Вся эта ситуация получила название «войны эмблем» с намеком на стремление Марии и Франциска присвоить себе английский герб. Екатерина, чьи намерения в отношении Шотландии были прямо противоположны намерениям Гизов, справедливо боялась, что французы пресытятся заграничными авантюрами, поэтому предпочитала вернуть войска домой. Эта кампания, по мнению королевы-матери, представляла угрозу интересам Франции.
Тем временем здоровье Франциска продолжало вызывать серьезные опасения. К осени 1559 года тяжелые приступы головокружения стали учащаться. Чувствуя, что вот-вот потеряет сознание, он пытался отогнать слабость, резко взмахивая руками и ногами. Кожа его покрылась фурункулами, лицо же, распухшее еще сильнее, чем прежде, было все в прыщах и нарывах. Хотя он заметно подрос со дня, когда стал королем, казалось, силы покидают его. В попытках хоть как-то справиться со слабостью он весь отдался охоте. И, в конце концов, слег с гнойным нарывом в ухе. Мучительная боль временами доводила его до помешательства. Екатерина призвала лекарей, которые посоветовали ей отправить короля в долину Луары, где в мирной обстановке он сможет поправиться. Она решила на зиму и весну забрать его в Блуа. Королева Мария тоже не отличалась крепким здоровьем, ее мучили головокружения. Периодически с ней случалась дурнота. Неудивительно, что семейство Гизов было весьма озадачено будущим династии Валуа-Гизов, ибо перспектива рождения здорового младенца — в особенности из-за деформации «секретных органов» Франциска — казалась маловероятной.