Марии в эти месяцы пришлось несладко; мало того, что Франция прекратила оказывать поддержку шотландскому королевству, но еще и ее любимая матушка, Мария де Гиз, умерла от водянки 11 июня 1560 года после долгой болезни. Джон Нокс, ликуя по поводу смерти королевы-регентши, писал: «…ее живот и ноги отвратительно распухли, и так продолжалось, пока Бог не свершил над нею свой приговор». Еще раньше он писал, будто корона на голове королевы «выглядела… как седло на бодливой корове». Вести о смерти матери подкосили Марию. Королева, страдая «то от одной беды, то от другой», получала утешение у Екатерины, знающей по своему опыту, что такое тяжелая утрата. Хотя это не мешало ей теперь, когда шотландской проблемы более не существовало, вплотную заниматься грядущей встречей в Фонтенбло, направляя всю свою энергию на сохранение мира во Франции.
К несчастью, два важных участника совета — Антуан де Бурбон и его брат Луи Конде — бойкотировали встречу в Фонтенбло. Конде, избежавший обвинения в Амбуазском заговоре, теперь, когда был учинен обыск в его владениях и бумагах, обеспокоился насчет собственной безопасности и переехал на юг, поближе к брату и подальше от Гизов. Екатерина к этому времени уже пользовалась поддержкой Мишеля де Л'Опиталя, ставшего канцлером в мае 1560 года, стремление которого к мирному разрешению проблемы подкреплялось девизом: «Un Roi, une Loi, une Foi» («Один король, один закон, одна вера»). Он полагал, что двум религиям во Франции мирно не ужиться, но решительно противостоял насильственным репрессивным мерам, от которых ожесточение и сила гугенотов лишь росли. Его мнение находило сочувствие у Екатерины. Стремясь высвободиться из железных тисков Гизов, но не желая полностью порывать с ними, королева должна была отныне действовать весьма осторожно. Екатерина хотела иметь их у себя под каблуком, чтобы самой располагать большей свободой для управления делами сына, ибо в этом видела главное свое назначение. Если она слишком сильно подорвет авторитет лотарингцев, они и вовсе устранятся, но их военная сила и возможности слишком велики, чтобы позволить им перейти в оппозицию. Замена Гизов Бурбонами означала хаос, не говоря уже о том, что происхождение принцев крови могло серьезно угрожать правам ее детей на трон. Екатерина считала возвращение Монморанси еще менее приемлемой мерой. Она не только не любила его лично, но и опасалась его влияния.
На открытии совета в Фонтенбло 21 августа 1560 года королева-мать призвала советников следовать политике, которая поможет королю — «сохранить скипетр, его подданным — избавиться от страданий, недовольным — удовлетвориться, если это возможно». Затем к кафедре вышел новый канцлер и произнес пространную речь о бедствиях Франции и возможных путях спасения. Наконец братьев Гизов пригласили выступить с отчетом о своих делах. После этого открыли дискуссию, чтобы могли высказаться другие участники совета. Колиньи представил две петиции, одну — королеве-матери, вторую — королю, в которых просил позволить протестантам мирно исповедовать свою веру, пока не состоится заседание генерального совета с окончательным решением по религиозным вопросам. Документ обращался к Екатерине с просьбой стать новой Эсфирью и вести Божий народ от притеснения к процветанию. Гизы с презрением отвергли петицию, заявив, что она не подкреплена подписями. Колиньи возразил, что мог бы легко собрать 10 тысяч подписей, на что герцог заявил: «Колиньи придется одну из этих подписей сделать кровью, ибо сам он скорее всего возглавит эти десять тысяч».
Слово взял Жан де Монлюк, сторонник королевы-матери. Он выразил взгляды Екатерины, когда спросил, как можно оправдать жестокость, с коей обрушились на реформатов, испытывающих «страх перед Господом и почтение к королю». Он продолжил, предположив, что при более мягких мерах страна скорее бы успокоилась и не нужны были бы радикальные перемены в правительстве. После нескольких дней жарких прений решили созвать Генеральные штаты в Фонтенбло 10 декабря 1560 года, а вслед за ними, через месяц — Собор духовенства, дабы решить проблемы религии во Франции и французской церкви. Папу Пия IV встревожила идея такого собора вне его контроля: он боялся, как бы это не стало шагом к созданию схизматической «галльской церкви». В целом члены совета просили Екатерину о снисхождении в отношении реформатов. Они надеялись, что смогут получить разрешение свободно исповедовать свою веру, по крайней мере не подвергаясь гонениям. Совет в Фонтенбло можно рассматривать как политическую победу Екатерины: ее позиции укрепились, что свидетельствовало о политической зрелости королевы.
Однако были и такие, кто смотрел на это заседание без особых надежд, все еще предполагая, что справиться с Гизами можно лишь путем активного действия, поставив Бурбонов во главе совета. Отсутствие некоторых лиц ясно дало понять: существуют люди, рассматривающие правление Гизов как незаконное. Параллельно с заседанием совета в Фонтенбло Антуан де Бурбон собрал встречу в Нераке, где велись разговоры, подогревающие определенные настроения среди поддерживавших его дворян. Монморанси, как считалось, поддерживал Бурбона, хотя сам был чрезвычайно осторожен, избегая обвинения в измене. В ноябре 1560 года приготовления гугенотов к военному противостоянию уже шли полным ходом, и Екатерина вынуждена была признать, что на оппозиционную партию не произвели ни малейшего влияния принятые решения о переменах и последующих встречах. Они верили: только военная сила поможет им избавиться от чужеземных принцев и освободить законного короля Франции от назойливого влияния ненасытных Гизов. Беда разразилась поздней осенью 1560 года, когда войска гугенотов атаковали главные города на юге и юго-западе Франции. Екатерина обратилась за помощью к Филиппу Испанскому и герцогу Савойскому. Гражданская война казалась неизбежной.
В тщетной попытке добиться расположения Бурбона, королева-мать послала ему от лица короля приказ присоединиться ко двору в Орлеане. Ему было велено привезти с собой брата, Конде, дабы последний мог объяснить свою деятельность, особенно в отношении организации незаконной армии. Екатерина распорядилась, чтобы отправленный к братьям Бурбонам посланец тонко намекнул им: о военных приготовлениях рассказал сам коннетабль. Фактически это было ложью, но возымело действие, разрушив доверие между Бурбонами и «коннетаблистами». Это также поставило принца перед необходимостью выбора. Занервничав, он рассудил: лучше не поднимать сейчас войска, а отправиться с братом ко двору. Как только пара появилась в Орлеане, Конде немедленно арестовали.
Арест принца крови был рискованным мероприятием, и Екатерина, конечно же, не желала видеть Конде приговоренным к смерти. Ей также было известно, что Гизы, игнорируя право Конде на суд высшей знати, желали видеть своего заклятого врага перед особым трибуналом, дабы поскорее избавиться от злополучного принца, что заставило бы его последователей перейти к открытому мятежу. Смерть Конде, таким образом, похоронила бы все надежды на мирное урегулирование вражды. Заседание суда открылось 13 ноября 1560 года, а 26-го Конде уже был обвинен и приговорен к казни, которая назначалась на 10 декабря. Двое поддерживавших Екатерину членов трибунала, Л'Опиталь и дю Мортье, отказались поставить свои подписи под документом, тем самым откладывая казнь, но ненадолго.
Как раз когда события зашли в тупик, король тяжело заболел. Уже 9 ноября с ним случился припадок и он потерял сознание, а спустя неделю — после охоты в особенно холодный день — он снова слег с жалобой на боль в левом ухе. На следующий день, однако, Франциск посетил торжественную службу в соборе Сент-Эньян в Орлеане, где, согласно обычаю, прикасался к золотушным. Бедный мальчик и сам-то выглядел настолько больным, что недужным было попросту невозможно поверить в его «исцеляющую» силу. Скорее всего они, наоборот, боялись заразиться еще сильнее. Слухи о заболевании короля проказой только усиливались, когда видели пятна на его коже и синюшно-багровый цвет лица. Во время вечерни того же дня с ним снова случился обморок, второй за последние два дня. После осмотра врачи обнаружили свищ в его левом ухе, который вызывал чудовищную боль. Они были бессильны облегчить муки короля, лицо его побагровело, нарывы проступили еще ярче. Тело отказывалось служить Франциску; зловонное дыхание свидетельствовало о внутреннем разложении.
Екатерина и Гизы находились при юном страдальце, закрыв остальным доступ к нему. Некоторое время его состояние удавалось держать в тайне. Вдобавок ко всему участники Генеральных штатов, созываемых 10 декабря — в тот же день, на который назначили казнь Конде, — уже начали прибывать в Фонтенбло, готовясь к открытой сессии. Их нужно было любой ценой держать в неведении относительно болезни короля. А тем временем больное ухо распухло, начался сепсис. Зловонные выделения из раны лишь раздражали и без того болезненную кожу. Юноша лежал в агонии, доктора предупредили королеву-мать — необходимо готовиться к худшему. Она всегда знала, что сын ее слаб: и врачи, и предсказатели пророчили ему смерть в молодом возрасте (Нострадамус утверждал, что старший сын Екатерины не достигнет восемнадцати лет). И теперь королева-мать беспомощно смотрела на то, как страдает Франциск, утративший даже дар речи. Она писала невестке Маргарите, герцогине Савойской:
