По ряду причин экономические волнения с пугающей скоростью начали приобретать политический характер. Как мы увидим, Годой быстро вызвал раздражение у церкви, а когда правление начали осуждать с церковной кафедры, пустило корни мнение, что неудачи Испании представляют собой кару божью за его прегрешения. Более того, эти прегрешения были общеизвестны. С 1800 г. вокруг наследника трона, принца Фердинанда, чрезвычайно обеспокоенного тем, что фаворит лишал его родительской любви, сформировалась фракция раздражённых придворных, побуждаемых к действию смесью зависти и группового недовольства. Они, решив остановить или хотя бы ограничить всякое его дальнейшее продвижение, вели против него тайную войну, подбрасывая в толпу и куплеты, и карикатуры самого непристойного содержания (в этом плане Годой был сам себе худший враг, поскольку его пристрастие к женщинам переходило все границы). В результате для многих испанцев фаворит стал воплощением зла, а Фердинанд — добра.
Возможно, что осложнение дел у Годоя было бы не столь велико, если бы он на самом деле был лентяем из сказки. Он — человек с определённой дальновидностью — с помощью Карла IV закреплял абсолютистский реформизм предшествующего царствования. Так, предпринимались многократные попытки распространить воинскую повинность на районы, которые были раньше от неё освобождены, — и прежде всего на баскские провинции Каталонию и Валенсию, — и урезать аристократические привилегии в армии, в частности за счёт сокращения раздутой королевской гвардии. Баскские фуэрос (fueros) были подорваны; предпринимались усилия, чтобы выжать средства из богачей за счёт введения новых налогов на предметы роскоши; оказывалась значительная поддержка развитию образования, науки и промышленности, а также новых экономических теорий, для чего был введён ряд ограничений на действия инквизиции. Внутри церкви поддерживались янсенисты (фракция духовенства, которая считала, что власть папы следует ограничить за счёт расширения прав епископата). На учреждение новых майоратов (mayorazgos) (находящихся в вечном владении отдельных семей неотчуждаемых земельных имений, составляющих основу богатства испанского дворянства) налагались весомые сборы; были упразднены некоторые гильдии, ослаблен контроль за рентой и ценами и положено начало конфискации и продаже неиспользуемых земель и имений церкви.
Но эта политика лишь умножала ряды недовольных. Отторгались важные слои церкви и дворянства и, конечно, баски. Что же касается населения в целом, то оно стало жертвой отсутствовавших ранее требований воинской повинности, которая привела к серьёзным восстаниям в Валенсии и Бильбао, и раздражающего вмешательства в его культурную жизнь (Годой, пытаясь противодействовать народной лени и заставить обрабатывать огромные участки земли, используемые для выращивания боевых быков, запретил корриду). Одновременно росло социальное напряжение. Значительная часть проданных церковных земель использовалась для содержания благотворительных фондов, которые теперь исчезли. Более того, часто оказывалось что арендаторам этих земель приходилось вносить большую арендную плату. Следствием этого стала возросшая неприязнь к Годою, а фавориту к тому же не удалось завоевать популярность даже среди групп, получивших выигрыш от продажи земли и прочих реформ. С одной стороны, он не мог заходить дальше, чем позволяли его куда более робкие венценосные покровители, так что в церкви в конечном счёте пришлось принести янсенистов в жертву их ультрамонтанским оппонентам. С другой стороны, потенциальные сторонники фаворита — доктринёрские либералы и богатые имущие слои, которые скупали значительные количества продаваемой земли — хотели ещё больших перемен. Между тем в обществе усиливалась поляризация между выигравшими от реформ и их жертвами, и именно эта поляризация в значительной степени объясняет испанское сопротивление французам.
Фактически именно внутренняя ситуация в Испании привела к вмешательству Наполеона. В октябре 1807 г. группировка французских войск была направлена через Испанию в Португалию для обеспечения проведения в жизнь континентальной блокады. Французы с помощью испанской армии быстро вынудили португальскую королевскую семью отправиться в Бразилию и оккупировали страну. Фердинанд, уверенный в том, что стареющий Карл IV собирается сделать Годоя своим преемником, вступил в тайные переговоры с французами, чтобы обеспечить своё будущее, доказывая, что он является преданным союзником Наполеона. Однако в так называемом Эскуриальском деле этот заговор был неожиданно раскрыт Годоем, который затем заявил, что он обнаружил документы, говорящие о том, что Фердинанд замышляет убийство своих родителей. Вслед за этим принца заставили в унизительной форме покаяться, а его сообщники были арестованы и преданы суду по обвинению в государственной измене. Но поскольку Наполеон запретил всякое упоминание о нём на процессе, всё дело приобрело вид закулисного заговора Годоя, с целью избавиться от принца, как от соперника, тем более что когда суд оправдал обвиняемых, их незамедлительно отправили в ссылку в глубь страны. Император, уже сильно встревоженный надёжностью испанского союзника — Испания не только пребывала в состоянии явного банкротства, в 1806 г. Годой планировал вероломное нападение на Наполеона, когда тот вёл войну с Пруссией, — теперь решил реформировать Испанию силой, открывая для Франции доступ к богатствам Индий и избавляясь от последних Бурбонов. Итак, начиная с декабря 1807 г. всё больше и больше французских войск под командованием маршала Мюрата начали входить в Северную Испанию. Внезапно захватив контроль над испанскими пограничными крепостями, они к началу марта обрушились на Мадрид.
Теперь Годой, обнаружив, что всё потеряно, предпринял последнюю отчаянную попытку организовать сопротивление, но сторонники Фердинанда понимали, что это непременно приведёт к катастрофе: по их мнению, Наполеон собирался лишь убрать Годоя или заменить Карла и Луизу на Фердинанда, а потому, они считали, война может привести к полному устранению Бурбонов. Приказы фаворита саботировались и во временной королевской резиденции Аранхуэс был организован военный переворот — первый в испанской истории. Устроить переворот оказалось несложно, поскольку его осуществляла королевская гвардия, ненавидевшая Годоя ещё с тех пор, как он принял решение сильно сократить её численность: 17 марта войска, поддерживаемые большой, обуреваемой жаждой мщения толпой местных жителей, восстали. Крайне испуганные король и королева сначала отправили в отставку фаворита, затем отреклись от престола в пользу сына и 24 марта принц, а теперь король Фердинанд VII с триумфом въехал в Мадрид (Годоя тем временем арестовали и заключили в тюрьму). Однако Фердинанд, полагая, что он будет воспринят французами как союзник, сильно ошибался: Карла и Марию-Луизу, несмотря на отчаянные попытки примирения, подталкивали на то, чтобы они обвинили его в узурпации власти. При таком положении дел Наполеон выступил в качестве миротворца: он собрал всю испанскую королевскую семью в Байонне и напрямую заявил им, что Карл и Фердинанд должны отречься от престола в пользу его брата Жозефа. Карл тут же сдался, а Фердинанд, хотя и оказал некоторое сопротивление, 6 марта отказался от своих прав на престол.
