Действиями лодок руководили командующий подводными лодками Тихоокеанского флота из Пирл-Харбора и командующий подводными лодками юго-западной части Тихого океана из Фримантла или Брисбена, Австралия. Первый пост почти всю войну занимал вице-адмирал Чарльз Э. Локвуд, второй — капитан 1 ранга Джон Уилкс, а с марта 1943 контр-адмирал Ральф У. Кристи. Каждый осуществлял полный административный контроль, но почти не стремился удержать оперативный контроль над лодками, находящимися в море. Адмиралы не пытались проводить ежедневные совещания со своими лодками по радио, как это делал гросс-адмирал Дениц. В основном американцы не хотели связывать инициативу командиров лодок, отчасти боялись выдать их координаты противнику.
Подводные силы превратились в почти самостоятельный флот. Они были укомплектованы исключительно добровольцами, и командовали ими молодые и умные офицеры.
Американскую концепцию использования подводных лодок диктовало наличие малого число баз, разделенных большим расстоянием. Поэтому лодки должны были совершать очень длинные переходы. Мы не имели ничего похожего на германских «дойных коров». Поэтому флот отдавал предпочтение крупным океанским лодкам с большой автономностью, надежными механизмами и улучшенной обитаемостью, в то время как европейские державы предпочитали более мелкие лодки. Все наши подводные корабли имели водоизмещение около 1500 тонн. Отклонениями были старые лодки типа S, имевшие водоизмещение от 800 до 1100 тонн, но к 1943 они устарели и были списаны. «Аргонот», «Нарвал» и «Наутилус» имели водоизмещение 2700 тонн. Средняя океанская лодка имела экипаж 7 офицеров и 70 матросов. Она имела дальность плавания 10000 миль и различные припасы на 60 дней. Их надводная скорость составляла 20 узлов, и подводная 9 узлов. Эти лодки могли следовать под водой в течение 48 часов со скоростью 2,5 узла. В 1942 началась установка радаров воздушного обнаружения и поиска кораблей, что значительно увеличило эффективность американских лодок. В начале войны лодки были вооружены 6 — 10 торпедными аппаратами 21», 1 — 3»/50 палубным орудием и 2 — 12,7 мм пулеметами. Они несли примерно 18 запасных торпед. Первоначально все торпеды были парогазовыми, позднее появились бесследные электроторпеды. Боеголовки заполнялись ТНТ, а потом более мощным торпексом. Торпеда могла иметь контактный взрыватель, либо неконтактный магнитный.
К несчастью, по причинам, описанным в Главе 1, американские торпеды в начале войны имели серьезные дефекты механизма установки глубины и взрывателей. Это выяснилось лишь когда боевые действия уже шли достаточно долго. Первый дефект заставлял торпеду идти на 10 футов глубже, чем следовало. Обычно она проходила так глубоко под днищем корабля, что магнитный взрыватель не срабатывал. Контактный взрыватель устанавливался непосредственно перед выстрелом. Его боек оказался слишком хрупким и при нормальном попадании торпеды под прямым углом к борту корабля просто ломался. Взрыватели срабатывали только при скользящем ударе. Таким образом, самые лучшие выстрелы пропадали впустую. Вернувшиеся из похода капитаны рассказывали, что слышали, как 9 торпед ударяются о корпус японского корабля и не взрываются. Адмирал Нимиц в июне 1943 приказал больше не использовать магнитные взрыватели. Адмирал Локвуд провел серию контрольные выстрелов по береговым скалам острова Кохолаве и обнаружил причину неполадок. Боек был заменен более прочным. Но только в сентябре 1943 американские подводные лодки получили надежные торпеды.
Перед войной американская и японская доктрины использования подводных лодок были схожи. Лодки должны были уничтожать в основном вражеские военные корабли. На практике, если не считать нескольких специальных операций в поддержку действий флота, американцы использовали свои лодки так же, как немцы — для уничтожения вражеского торгового флота. Зато японские лодки, которые были такими же большими, имели надежные торпеды, а в начале войны были и столь же многочисленными, как наши. Однако они сосредоточились исключительно на уничтожении военных кораблей. Как мы видели, в 1942 они добились неплохих успехов. Но по мере усиления американской ПЛО японские лодки все реже добивались результата. Например, в ходе операции на Лейте японцы развернули в районе боев 16 лодок. Они сумели потопить лишь 1 эскортный миноносец. И вообще, большая часть японского подводного флота была распылена для выполнения различных специальных заданий. Они проделывали огромные переходы для проведения ночных обстрелов берега на островах Мидуэй, Джонсон и Кантон в 1942, позднее Ванкувера и Орегона. Японские лодки с гидросамолетами на борту проводили бессмысленные разведывательные полеты. Но смертельный удар японским подводным силам нанесла собственная армия, когда обнаружила, что лодки могут успешно доставлять снабжение на изолированные острова. Поэтому все больше и больше лодок отзывались с патрулирования, чтобы доставлять осажденным гарнизонам рис и патроны. К 1943 Соединенные Штаты прекратили конвоирование торговых судов на Тихом океане и переключили эскортные корабли на решение иных задач. По данным Ито Масанори Япония имела в начале войны 64 подводные лодки. За время войны было построено 126 единиц, и к моменту начала боев за Лейте в строю осталось всего 32 лодки. В эти цифры не включены сверхмалые лодки.
Достаточно странно, буквально на грани полного идиотизма, выглядит неспособность островного государства защитить свои морские коммуникации.
Это можно объяснить лишь одним. Японская военщина отказывалась признавать факты, если они могли привести к ведению оборонительной войны. По той же причине в японский флот в 1942 — 43 решил построить 20 авианосцев, которые не могли использоваться в рамках оборонительной стратегии. «Синано», третий линкор типа «Ямато», тоже был переоборудован в авианосец. Однако из этих материалов можно было построить несколько сотне эсминцев и эскортных кораблей. Только в конце 1943 был создан эскортный флот, который так и не стал значительной силой. Японцы завершили войну с тем же противолодочным оружием, что и начали — крайне неточные корабельные и авиационные глубинные бомбы. Они никогда не проводили математический анализ, как лучше сбрасывать хотя бы ЭТИ бомбы, чтобы с наибольше вероятностью накрыть лодку. Японцы не имели отработанных методов противолодочных действий и наивно верили, что уничтожают американскую лодку при каждой атаке. Они сумели потопить достаточно много наших лодок, но этого было совершенно недостаточно для победы.
Изменение тактики действий подводных лодок показывает пример похода «Тарпона». Возле Токийской бухты ночью 1 февраля 1943 лодка установил радиолокационный контакт, поднялась на поверхность и потопила транспорт в 11000 тонн. 8 февраля в темноте лодка снова обнаружила радаром цель. После погони в надводном положении, используя данные радара и перископ, она всадила 4 торпеды в «Тацута-мару» (17000 тонн). Гордость японского торгового флота пошла на дно.
В течение 1943 американские подводные лодки на Тихом океане потопили 22 военных корабля и 296 торговых судов, общим водоизмещением 1335240 GRT. Японские верфи в 1943 сумели построить лишь немного больше полумиллиона тонн. Еще 100000 тонн были захвачены, в результате убыль составила 718000 тонн. За этот же год Подводные Силы флота Соединенных Штатов потеряли 15 лодок и 1129 офицеров и матросов. Это была дорогая плата за успехи. Однако трое командующих подводными лодками в Пирл-Харборе, Брисбене и Фримантле имели в своем распоряжении 75 подводных лодок к 1 января 1944 против 53 лодок 1 января 1943. Из этого числа почти все были эскадренными лодками. Старые лодки типа S были отозваны в учебные центры. За этот же год японцы потеряли 23 подводные лодки.
Генерал МакАртур поддерживал контакт с филиппинским партизанами и не капитулировавшими подразделениями своей армии с помощью подводных лодок, базирующихся на Фримантл. В период с 8 февраля 1943 по 5 марта 1944 они совершили 19 походов с этой целью. Из них 7 походов совершила подводная лодка «Нарвал», специально выделенная для такой работы. Они доставили к партизанам важных связников, таких как капитан-лейтенант К. Парсонс, а также оружие, деньги, боеприпасы, рации и многое другое. «Нарвал» за один поход доставил 90 тонн грузов на Минданао и Самар, а также вывез 32 гражданских лица с Паная. Эти похода имели огромнейшее значение для сбора разведывательной информации о вражеских кораблях и перемещениях войск, снабжения партизан медикаментами и боеприпасами, для разрушения лживых заявлений японской пропаганды, будто американцы бросили Филиппины.
В мае 1943 «Тотог» получила специальное задание высадить 2 японцев на Целебесе. Оба были рьяными мусульманами, что создавало трудности, не предусмотренные наставлениями подводной службы. Колбасный фарш, мороженое, яичный порошок и другие обычные продукты подводников были для них табу. Они питались только тунцом и лососем. Штурману пришлось 4 раза в день давать им пеленг на Мекку. Эта история стала легендарной. Она помогла усовершенствовать искусство навигации, чтобы сыны Пророка могли возносить молитвы в нужном направлении.