У Тарутино русская армия прикрыла весь юг России. При движении французов на Рязань или Тулу Кутузов мог легко перерезать все коммуникации великой армии. Тарутино было ближе Москвы к Можайску и Вязьме. С 20 сентября по 6 октября русская армия отдохнула на Тарутинской позиции, получила подкрепления, пополнила запас лошадей. В начале октября русские регулярные войска выросли до восьмидесяти тысяч воинов, без семи тысяч казаков и ополченцев.
Мечта Наполеона сбылась. Цель войны была достигнута. Он и его армия даже без боя вошли в древнюю столицу России. В Москве император надеялся заключить выгодный мир и упрочить свое владение Европой.
3 сентября Наполеон въехал в Кремль, а 4 Москва запылала. Пожары возникли поздно вечером накануне. При страшном ветре они быстро усилились и в течение 4, 5, 6 и 7 сентября уничтожили четыре пятых зданий столицы. Поджигали все деревянное москвичи – пропадай, но врагу не доставайся! Наполеон долго смотрел на бушующий океан огня со стен Кремля. Совершенно бледный, он сказал: «Какое страшное зрелище! Это они сами поджигают. Какая решимость! Какие люди! Это – скифы!» Наполеон еле успел переехать в загородный Петровский дворец, стоявший на Петербургском тракте. Кутузов обвинил в московском пожаре французов. «Доказательством, что не жители разрушили Москву, служит то, что пушками разбивали дома и другие здания, которые были слишком крепки, стреляя в них посреди огня. Будьте уверены, что мы постараемся вам заплатить».
Московский пожар значительно уменьшил объем всех тех материальных ресурсов, на которые рассчитывал Наполеон. Неделю великая армия грабила город, вытаскивая из дворцов, погребов, магазинов все ценное, картины, одежду. Начался поиск тайников с золотом и драгоценностями. Запреты императора не помогали. В великой армии быстро падала дисциплина, появилось много мародеров, грабителей и пьяниц.
Кормить войска становилось все труднее. Фуражиры грабили подмосковных и дальних крестьян и народ взялся за вилы. Первые крестьянские отряды появились у Звенигорода, Рузы, Бронниц, Волоколамска. Французы попытались увеличить свою зону оккупации, и партизанское движение быстро стало всеобщим.
В начале войны Наполеон был совершенно уверен в своих силах и после долгих колебаний не сделал ничего для изменения положения русского населения. Фуражиры уходили в Подмосковье и исчезали. Окрестные крестьяне жгли сено, хлеб, жилища и уходили в леса. Вооруженные вилами и топорами толпы крестьян нападали на разъезды, фуражные команды, на курьеров и беспощадно их истребляли. Карательные отряды совершенно не устрашали русских, но довели раздражение народа до ярости. Вред и истребление солдат великой армии стало считаться почти святым долгом. Крестьяне, получившие вместо свободы грабежи, начали народную войну против наполеоновских войск. Почти в каждом селе образовались партизанские отряды, которые буквально сторожили любое движение французов. Партизаны уничтожали фуражиров и мародеров тысячами. В течение короткого времени только в Боровском, Мосальском и Медынском уездах крестьяне убили более четырех тысяч и взяли в плен около трех тысяч французских солдат.
Несмотря на призывы и обещания французов, крестьяне не вступали с ними в торговые отношения. Многие русские купцы не вели с завоевателями никаких торговых дел, но не все. Очень многие торговцы нажились на больших поставках великой армии продовольствия и фуража, многих других товаров. Вокруг французских закупок для армии возникало много спекуляций. Только благодаря этим поставкам русских купцов французская армия смогла оставаться в Москве тридцать четыре дня.
Партизанские отряды действовали со всех сторон на расположение французов, уничтожали даже значительные отряды, все чаще и чаще прерывали коммуникации великой армии, не давая ей ни минуты покоя. Французы нуждались во всем и слабели с каждым днем. В течение шестинедельного пребывания в Москве Наполеон потерял целый корпус, тридцать тысяч солдат, а большая часть его кавалерии и артиллерии осталась без лошадей.
Первым партизаном Отечественной войны стал гусарский подполковник Денис Давыдов. По его просьбе Кутузов за несколько дней до Бородинского сражения отправил Давыдова с отрядом из пятидесяти гусар и восьмидесяти казаков в тыл неприятеля, к Вязьме. До конца октября Давыдов делал постоянные набеги на дороги между Гжатском и Вязьмой. Опыт первых регулярных партизан оказался удачным, и Кутузов просто окружил великую армию партизанскими отрядами. С юга от Москвы и на смоленской дороге действовали полковники Ефремов, Кудашев, Сеславин, Давыдов, Фигнер и Вадбольский. Их базой стала Верея, которую занял двухтысячный отряд партизан генерала Дорохова. К северу от Москвы действовали партизаны Бенкендорфа и Пренделя. Крестьянские отряды действовали в контакте с регулярной армией и ее партизанскими формированиями. Вся Россия говорила об отрядах Федора Самуся, Василисы Кожиной, Герасима Курина, Василия Половцева, Федора Ануфриева. Особенно бесил французов отряд Василисы Кожиной, убивавших их только вилами и граблями.
Размах крестьянской войны был настолько велик, что император Александр I попытался взять его под контроль властей. Специальным манифестом он призвал русское дворянство формировать под своим началом ополчение крестьян. Вместо ружей ополченцам давали пики, на всякий случай. Крепостные крестьяне не могла вступать в ополчение без разрешения своих помещиков. Империя боялась использовать патриотический подъем народа. Александр I, Растопчин, Аракчеев справедливо предполагали, что ополченцы и партизаны после разгрома Наполеона выступят против помещиков, многие из которых этого вполне заслуживали. 20 сентября после двадцатидневного перерыва Растопчин выпустил свою очередную афишку, пытаясь возглавить партизанское движение:
«Крестьяне, жители Московской губернии! Враг рода человеческого наказание Божье за грехи наши, дьявольское наваждение, злой француз вошел в Москву. Он предал ее мечу, пламени: ограбил храмы Божьи; осквернил алтари непотребствами, сосуды пьянством, посмешищем. Надевали ризы вместо попон; посорвали оклады, венцы со святых икон. Он поставил лошадей в церкви православной веры нашей, разграбил дома, имущества; надругался над женами, дочерьми, детьми малолетними; осквернил кладбища и до второго пришествия тронул из земли кости покойников, предков наших родителей; заловил, кого мог, и заставил таскать, вместо лошадей, им краденое.
Он морит наших с голоду. А теперь, как самому пришло есть нечего, то пустил своих ратников, как лютых зверей, пожирать вокруг Москвы и вздумал ласкою взывать вас на торги, мастеров на промысел, обещая порядок, защиту всякому. Ужели вы, православные, верные слуги царя нашего, кормилицы матушки, каменной Москвы, на его слова положитесь и дадитесь в обман врагу любому, злодею кровожадному? Отымет он у вас последнюю кроху и придется вам умирать голодной смертью. Проведет он вас посулами, а коли деньги даст, то фальшивые. С ними же будет вам беда.
Оставайтесь, братцы, покорными христианскими воинами Божьей Матери, не слушайте пустых слов! Почитайте начальников и помещиков. Они ваши защитники, помощники, готовы вас одеть, обуть, кормить и поить. Истребим остальную силу неприятельскую, погребем их на Святой Руси, станем бить, где ни встренутся. Уж мало их и осталось, а нас сорок миллионов людей, слетаются со всех сторон, как стада огромные.
Истребим гадину заморскую и предадим тела их волкам, воронью. А Москва опять украсится. Покажутся золотые верхи, дома каменные; навалит народ со всех сторон. Пожалеет ли отец наш, Александр Павлович, миллионов рублей на выстройку каменной Москвы, где он миром помазался, короновался царским венцом? Он надеется на Бога Всесильного, на Бога Русской земли, на народ Ему подданный, богатырского сердца молодецкого. Он один – помазанник Его, и мы присягали Ему в верности. Он Отец, мы дети Его, а злодей француз – некрещеный враг. Он готов продать и душу свою. Уже был он и турком, в Египте обасурманился, ограбил Москву, пустил нагих, босых, а теперь ласкается и говорит, что не быть грабежу, а все взято им, собакою, и все впрок не пойдет. Отольются волку лютому слезы горькие. Еще недельки две, так кричат «пардон», а вы будто не слышите. Уж им один конец: съедят все, как саранча, и станут тенью, мертвецами непогребенными. Куда ни придут, тут и вали их живых и мертвых в могилу глубокую. Солдаты русские помогут вам; который побежит, того казаки добьют. А вы не робейте, братцы удалые, дружина Московская, и где удастся поблизости, истребляйте сволочь мерзкую, нечистую гадину, и тогда к царю в Москву явитесь и делами похвалитесь. Он вас опять восстановит по-прежнему, и вы будете припеваючи жить по-старому.
А кто из вас злодея послушается и к французу преклонится, тот недостойный сын отеческий, отступник Закона Божия, преступник государя своего, отдает себя на суд и поругание. А душе его быть в аду с злодеями и гореть в огне, как горела наша мать Москва».