2 августа 1990 года Ирак напал на соседний Кувейт. Можно сказать, что ЦПС ожидал этого нападения в течение нескольких последних десятилетий. Ирак долгое время озвучивал свои притязания на кувейтскую территорию. Еще в январе 1965 года Хупер, только что сменивший Лоэниса на посту директора ЦПС, первым делом занялся вопросами, связанными с продолжением функционирования небольшой английской станции перехвата в Кувейте. Ее основная задача составляла в слежении за радиоэфиром, чтобы своевременно обнаружить признаки подготовки Ирака к нападению на Кувейт.
Хупер был ограничен в финансовых средствах и для начала поинтересовался возможностью передать функции станции перехвата ЦПС в Кувейте другой станции — на Кипре. Однако оказалось, что это может привести к потере важной тактической радиоразведывательной информации об иракских войсках, которая могла быть получена только на небольшом удалении от ее источника. И Хупер решил оставить кувейтскую станцию перехвата ЦПС в покое.
Спустя 25 лет это решение полностью оправдало себя. 27 июля 1990 года ОРК предупредил о том, что в ближайшее время возможно нападение Ирака на Кувейт. Точные сроки названы не были, тем не менее признаков подготовки к агрессии становилось все больше. Был отмечен значительный рост активности иракских радаров, которые не подавали признаков жизни на протяжении последних нескольких месяцев. Американские спутники зафиксировали сосредоточение иракских войск на границе с Кувейтом. Однако Англия и США считали, что Ирак блефовал.
Во время войны между Ираном и Ираком в середине 1980-х годов США организовали обучение иракских военных искусству защиты своих каналов связи, в том числе— путем преимущественного использования оптоволоконных линий связи и за счет наличия большого числа резервных коммуникационных каналов. Это значительно затруднило работу ЦПС против Ирака, но все же не помешало ему вовремя предупредить правительство Англии о подготовке Ирака к вторжению в Кувейт. К сожалению, английские и американские политики проигнорировали полученное предупреждение, поскольку посчитали, что опытный иракский диктатор Саддам Хусейн вряд ли будет ввязываться в военные авантюры. Кроме того, американцев и англичан ввел в заблуждение президент Египта Хосни Мубарак, который клятвенно заверил их, что никакого иракского вторжения не будет.
17 января 1991 началась военная операция «Буря в пустыне», преследовавшая целью вернуть независимость Кувейту, оккупированному Ираком. Самое большое участие в этой операции против Ирака приняли США, второе место было за Англией. К ним присоединились Австралия, Германия, Франция, а также Египет и Саудовская Аравия.
Перед началом «Бури в пустыне» ЦПС и АНБ договорились не разрушать полностью коммуникационную инфраструктуру Ирака, а частично сохранить ее, чтобы иметь возможность добывать из нее радиоразведывательную информацию, включая данные о текущем местонахождении Хуссейна. В ночь с 21 на 22 января 1991 года англичане провели диверсионную операцию с целью заставить иракцев более интенсивно пользоваться радиосвязью. Ирак обладал в высшей степени защищенной и современной сетью проводной связи. Ее основу составляли магистральные оптоволоконные линии, проходившие через основной терминал примерно в 50 километрах от Багдада. Туда под покровом ночи и отправились три десятка английских диверсантов на двух вертолетах.
Перелет занял 2 часа, и на саму операцию оставалось всего несколько часов темного времени суток. Часть диверсантов заняла круговую оборону, а остальные с помощью сканнеров стали искать проложенные в земле коммуникационные кабели. Были вырыты несколько ям, но никаких кабелей найти не удалось. Приближался рассвет, и пилоты вертолетов начинали нервничать.
Наконец, командир диверсионной группы выбрал яму, которая, по его мнению, находилась в наибольшей близости от иракского кабеля. Туда была заложена вся имевшаяся взрывчатка, прогремел взрыв, и диверсанты улетели на вертолетах обратно на базу. По возвращении выяснилось, что кабель действительно удалось повредить и что произошло увеличение иракского трафика в высокочастотном радиодиапазоне. Однако вывести из строя всю магистральную сеть связи Ирака так и не удалось. Неуязвима она оказалась и к бомбовым ударам союзнической авиации.
23 января 1991 года англичане провели еще одну радиоразведывательную спецоперацию. Она должна была отвлечь внимание иракцев от наступления союзников. Незадолго до этого наступления состоялись учения с участием английской Первой бронетанковой дивизии. Входе учений была сделана запись радиопереговоров, которые велись в низкочастотном диапазоне, чтобы их не перехватил противник. Сразу после начала наступления записи были воспроизведены на полную мощь примерно в 200 километрах от места наступления. Их услышали иракцы, которые ошибочно предположили, что англичане двигались в совсем другом направлении, чем на самом деле. Англичане прослушали сообщения, передававшиеся по иракской командной сети связи, и убедились, что иракцы попались на обман. Дополнительно секретная радиостанция в Саудовской Аравии, которая транслировала передачи под видом правительственного радио Кувейта, передала фальшивое сообщение о том, что союзники заняли кувейтскую столицу. В результате иракские войска начали паническое отступление, чтобы избежать полного окружения.
Заставив иракцев в большей степени полагаться на беспроводную связь, англичане получили преимущество при ведении радиоразведки. Дело в том, что в 1985 году Ирак закупил у английского концерна «Ракал» оборудование радиосвязи, которое скачкообразно меняло частоту, чтобы противодействовать прослушиванию и глушению радиопередач со стороны иранцев. Известно, что «Ракал» также являлся поставщиком оборудования для оснащения станций перехвата ЦПС. Более того, директорами «Ракал» были бывшие руководящие сотрудники ЦПС. Они-то и позаботились, чтобы в оборудование, проданное Ираку, были внесены изменения, облегчавшие перехват излучаемых ими радиосигналов. В результате все переговоры иракского военного командования без труда прослушивались в ЦПС и АНБ.
«Буря в пустыне» показала, что со времен фолклендской войны в ЦПС почти ничего не изменилось, и поддержка экспедиционных операций английских вооруженных сил со стороны ЦПС по-прежнему оставляла желать лучшего. На каждом уровне действия военных большей частью зависели от разведывательной информации, добытой собственными усилиями, и межуровневое взаимодействие было развито очень слабо. Радиоразведывательная информация поступала из Челтнема только, если у английских офицеров в штабах были знакомые в ЦПС, которым можно было позвонить по телефону и узнать у них что-нибудь полезное для себя.
Однако в отличие от предыдущих военных конфликтов ЦПС перестал быть невидимым для широкой публики. Дошло до того, что перед самым началом «Бури в пустыне» какой-то шутник разослал сотни фальшивых писем на почтовой бумаге с логотипом ЦПС, в которых получателям предписывалось явиться по указанному адресу на двухнедельные сборы перед отправкой в район Персидского залива для участия в боевой операции. Рассылка производилась случайным образом, и некоторые люди, прочитав это письмо, пережили приступ паники, поскольку не имели никакого опыта прохождения военной службы. Руководству ЦПС пришлось даже выступить с публичным заявлением, в котором содержались рекомендации не обращать внимания на фальшивки.
Одной из проблем, с которой столкнулись союзники после окончания войны 1991 года в Персидском заливе, стало уничтожение запасов химического оружия в Иране. Следил за процессом уничтожения специальный комитет ООН (СПЕКОМ). Инспекторы СПЕКОМ объезжали многочисленные иракские военные базы в поисках оружия, запрещенного международными конвенциями. Некоторые из этих инспекторов были австралийскими, американскими и английскими военнослужащими, прикомандированными к СПЕКОМ. Они имели при себе сканеры, предназначенные для регистрации маломощных излучений. Накопленный материал периодически передавался для дальнейшей обработки в ЦПС и АНБ, а также в израильскую радиоразведывательную службу— подразделение 8200. Иногда с помощью таких сканеров удавалось перехватывать предупреждения, отправляемые иракцами на свои военные базы о том, что туда направлялись инспекторы из СПЕКОМ. Толку от этого было мало, поскольку на обработку перехвата уходили недели, и к моменту получения обработанных данных они успевали устареть. Кроме того, только подразделение 8200 предоставляло расшифровки перехвата в полном объеме, а ЦПС и АНБ возвращали обратно лишь небольшие отрывки и в отредактированном виде.
ЦПС и АНБ пользовались услугами прикомандированных к СПЕКОМ английских и американских офицеров для перехвата маломощных излучений в Ираке вплоть до 1996 года. Полученная радиоразведывательная информация хранилась в глубокой тайне. В результате отношения между ЦПС и АНБ, с одной стороны, и инспекторами СПЕКОМ, с другой, не отличались особой теплотой. Один из инспекторов СПЕКОМ, бывший американский морской пехотинец Скотт Риттер специально ездил в Челтнем, чтобы наладить более тесное взаимодействие с ЦПС, и встретил там холодный прием. Сотрудник ЦПС, с которым Риттер вел переговоры, извинился и сказал, что ничем не может помочь: «Даже если мы в принципе и можем предоставить необходимые материалы, у нас есть специальное соглашение с американцами, которое запрещает нам делиться этими материалами без ясного и четкого разрешения со стороны США. А такого разрешения у нас нет».